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- PDB-2kdg: Solution Structure of the 1st Ig domain of Myotilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdg
タイトルSolution Structure of the 1st Ig domain of Myotilin
要素Myotilin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Myotilin / Immonoglobulin domain / actin-binding / Cell membrane / Cytoplasm / Cytoskeleton / Disease mutation / Immunoglobulin domain / Limb-girdle muscular dystrophy / Membrane / Muscle protein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


axon guidance receptor activity / structural constituent of muscle / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / alpha-actinin binding / muscle contraction / synapse organization / sarcolemma / Z disc / actin cytoskeleton / actin binding ...axon guidance receptor activity / structural constituent of muscle / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / alpha-actinin binding / muscle contraction / synapse organization / sarcolemma / Z disc / actin cytoskeleton / actin binding / axon / neuronal cell body / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Heikkinen, O. / Kilpelainen, I. / Permi, P. / Koskela, H. / Ylanne, J. / Carpen, O.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the first immunoglobulin domain of human myotilin
著者: Heikkinen, O. / Permi, P. / Koskela, H. / Carpen, O. / Ylanne, J. / Kilpelainen, I.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myotilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9721
ポリマ－10,9721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 40structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Myotilin / Titin immunoglobulin domain protein / Myofibrillar titin-like Ig domains protein / 57 kDa cytoskeletal protein


分子量: 10971.523 Da / 分子数: 1 / 断片: The first immunoglobulin domain (Residues 249-344) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOT, TTID / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UBF9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D C(CO)NH
11013D H(CCO)NH
11113D (H)CCH-COSY
11213D iHNCA
11312D 1H-13C HSQC (arom)
1141(HB)CB(CGCD)HD
1151(HB)CB(CGCDCE)HE
NMR実験の詳細Text: Dihedral angle restraints were extracted from alpha and beta carbon chemical shifts using TALOS program

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試料調製

詳細内容: 0.5mM [U-13C; U-15N] Myotilin 249-344-1, 20mM potassium phosphate-2, 140mM sodium chloride-3, 1mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMyotilin 249-344-1[U-13C; U-15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
140 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
試料状態イオン強度: 140 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY8001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Varian Inc解析
Sparky3.106T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
TALOSGabriel Cornilescu, Frank Delaglio, and Ad Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, P., Mumenthaler, C. & Wuthrich, K.構造決定
Amber8Case, D.A et al.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Born implicit solvent model
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 25 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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