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万見
- PDB-2kd9: Solution Structure of DNA Containing Alpha-OH-PdG: the Mutagenic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kd9
タイトルSolution Structure of DNA Containing Alpha-OH-PdG: the Mutagenic Adduct Produced by Acrolein
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(63G)P*CP*AP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Acrolein lesions / DNA damaged / DNA structure / exocyclic / Propano-dG lesions
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者de los Santos, C. / Zaliznyak, T. / Johnson, F. / Bonala, R. / Attaluri, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of DNA containing alpha-OH-PdG: the mutagenic adduct produced by acrolein.
著者: Zaliznyak, T. / Bonala, R. / Attaluri, S. / Johnson, F. / de los Santos, C.
履歴
登録2009年1月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(63G)P*CP*AP*TP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7642
ポリマ－6,7642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 25all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(63G)P*CP*AP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3390.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H COSY
1412D DQF-COSY
2522D 1H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: AUTHOR STATES THAT 25 MODELS WERE CALCULATED BY RESTRAINED MD. MODEL 1 IS AN AVERAGED MINIMIZED STRUCTURE OF THESE 25 MODELS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5 mM DNA duplex, alpha-OH-PdG-1, 100% D2O100% D2O
22.5 mM DNA duplex, alpha-OH-PdG-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
2.5 mMDNA duplex, alpha-OH-PdG-11
2.5 mMDNA duplex, alpha-OH-PdG-22
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl 5.9ambient 298 K
250mM NaCl 5.9ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
FelixAccelrys Software Inc.chemical shift assignment
FelixAccelrys Software Inc.peak picking
VNMRVariancollection
Insight IIAccelrys Software Inc.geometry optimization
ChimeraUCSF Chimerageometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 16 / NA beta-angle constraints total count: 16 / NA chi-angle constraints total count: 16 / NA delta-angle constraints total count: 16 / NA epsilon-angle constraints total count: 16 / NA gamma-angle constraints total count: 16 / NOE constraints total: 485 / Hydrogen bond constraints total count: 26
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 26 / Maximum lower distance constraint violation: 0.6 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.6 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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