[日本語] English
万見
- PDB-2kd3: NMR structure of the Wnt modulator protein Sclerostin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kd3
タイトルNMR structure of the Wnt modulator protein Sclerostin
要素Sclerostin
キーワードPROTEIN BINDING / Protein / antagonist of CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of ossification / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / BMP signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / response to mechanical stimulus ...Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of ossification / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / BMP signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / response to mechanical stimulus / ossification / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Sclerostin/Sclerostin domain-containing protein 1 / Sclerostin (SOST) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sclerostin / Sclerostin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Weidauer, S.E. / Mueller, T.D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: NMR structure of the Wnt modulator protein Sclerostin
著者: Weidauer, S.E. / Schmieder, P. / Beerbaum, M. / Schmitz, W. / Oschkinat, H. / Mueller, T.D.
履歴
登録2009年1月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sclerostin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7121
ポリマ－12,7121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Sclerostin / Wnt modulator protein


分子量: 12711.731 Da / 分子数: 1 / 断片: mSOST deltaNC, UNP residues 59-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: B2RQA5, UniProt: Q99P68*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D CBCA(CO)NH
1233D CBCANNH
1333D HBHA(CO)NH
1433D HN(CA)CO
1533D HNCO
1633D C(CO)NH
1733D H(CCO)NH
1833D (H)CCH-TOCSY
1933D (H)CCH-COSY
11033D 1H-13C NOESY
11123D 1H-15N NOESY
11223D 1H-15N TOCSY
11323D 1H-15N HSQC-NOE-HMQC
11433D 1H-13C NOESY
11512D 1H-1H TOCSY
11612D DQF-COSY
11712D 1H-1H NOESY
11822D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Wnt modulator protein-1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8 mM [U-95% 15N] Wnt modulator protein-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.6 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Wnt modulator protein-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMWnt modulator protein-11
0.8 mMWnt modulator protein-2[U-95% 15N]2
0.6 mMWnt modulator protein-3[U-95% 13C; U-95% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.07 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospin解析
AURELIA3.8Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerデータ解析
X-PLOR NIH2.21Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.21Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1143 / NOE intraresidue total count: 471 / NOE long range total count: 317 / NOE medium range total count: 75 / NOE sequential total count: 280
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る