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万見
- PDB-2kd1: Solution NMR structure of the integrase-like domain from Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kd1
タイトルSolution NMR structure of the integrase-like domain from Bacillus cereus ordered locus BC_1272. Northeast Structural Genomics Consortium Target BcR268F
要素DNA integration/recombination/invertion protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
AP2-like integrase, N-terminal domain / Arm DNA-binding domain / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain ...AP2-like integrase, N-terminal domain / Arm DNA-binding domain / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA integration/recombination/invertion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rossi, P. / Lee, H. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Buchwald, W.A. / Jiang, M. / Swapna, G.V.T. / Nair, R. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Rossi, P. / Lee, H. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Buchwald, W.A. / Jiang, M. / Swapna, G.V.T. / Nair, R. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the Integrase-Like Domain from Bacillus cereus Ordered Locus BC_1272. Northeast Structural Genomics Consortium Target BcR268F.
著者: Rossi, P. / Lee, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年12月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA integration/recombination/invertion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5711
ポリマ－13,5711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA integration/recombination/invertion protein


分子量: 13570.714 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 61-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: DSM 31
解説: Growth media: MJ9 100%N15 5%C13, MJ9 100%N15 100%C13
遺伝子: BC_1272 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q81GD4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N NOESY
11013D (H)CCH-COSY
11113D CCH-TOCSY
11213D HBHA(CO)NH
11322D 1H-15N HSQC
1142N15 T1
1152N15 T2
1162HET noe
1172N15 TROSY iso
1182N15 TROSY PolyAcrylamide Gel
11922D 1H-13C HSQC stereomethyls

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.986 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 50 uM DSS-2, 200 mM sodium chloride-3, 20 mM MES-4, 10 mM DTT-5, 0.02 % NaN3-6, 5 mM Calcium Chloride-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.953 mM [5% 13C; U-100% 15N] protein-8, 50 uM DSS-9, 200 mM sodium chloride-10, 20 mM MES-11, 10 mM DTT-12, 0.02 % NaN3-13, 5 mM Calcium Chloride-14, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.986 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS-21
200 mMsodium chloride-31
20 mMMES-41
10 mMDTT-51
0.02 %NaN3-61
5 mMCalcium Chloride-71
0.953 mMentity-8[5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS-92
200 mMsodium chloride-102
20 mMMES-112
10 mMDTT-122
0.02 %NaN3-132
5 mMCalcium Chloride-142
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
CYANA3.0 betaGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichvisualization
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Tho構造検証
PdbStat5.1Tejero, Montelione精密化
MolProbityRichardson解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2(CPMG) (MS) = 592.3/97.44, TAUC = 5.39 (NS). CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE ...詳細: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2(CPMG) (MS) = 592.3/97.44, TAUC = 5.39 (NS). CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0 WITH RDC. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA-3.0. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL AND RDC SAMPLE ALIGNED IN POLYACRYLAMIDE GEL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (ALL RESIDUES INCLUDED): BACKBONE 93.88%, SIDECHAIN 85.19%, AROMATIC (SC) 92.00%, STEREOSPECIFIC VL METHYL ASSIGNMENT 100%, UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 2127 NOE, 246 DIHE, 105 RDC. MAX NOE VIOLATION: 0.41 A (1MODEL); MAX DIHE VIOLATION: 6.1 DEG. TWO TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES: 7-22, 25-103 FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8. SECONDARY STRUCTURE - ALPHA HELICES: 8-23, 25-35, 39-42, 53-66, 70-89 RMSD (ANG): BACKBONE 0.4, ALL HEAVY ATOMS 0.7. RAMACHANDRAN DISTRIBUTION: 94.0/6.0/0.0/0.0. PROCHECK (PSI-PHI): 0.28/1.42 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): 0.23/1.36 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 14.45/-0.95 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.97, PRECISION: 0.85, F-MEASURE: 0.91, DP-SCORE: 0.82. RDC STATISTICS FROM CYANA-3.0. DA = -4.301 HZ, RHOM = 0.3925; CORR. COEFF: 0.947 +/- 0.002, Q-FACTOR: 32.55 +/- 0.405%. AFTER CNS WATER REFINEMENT WITH RDC PALES COMPUTED CORRELATION COEFF: 0.913 AND Q-FACTOR: 40.08% LOWEST ENERGY MODEL.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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