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- PDB-2kcy: SOLUTION STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S8E FROM Methanothermobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kcy
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S8E FROM Methanothermobacter thermautotrophicus, NORTHEASTSTRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) TARGET TR71D
要素30S ribosomal protein S8e
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RIBOSOMAL PROTEIN S8E / rsp8e / RDC / NESG / BETA / Ribonucleoprotein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #310 / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS8
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Liu, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B.C. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: SOLUTION STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S8E FROM Methanothermobacter thermautotrophicus, NORTHEASTSTRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) TARGET TR71D
著者: Liu, G. / Rossi, P. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S8e


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0411
ポリマ－11,0411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S8e


分子量: 11041.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
遺伝子: rps8e, MTH_207 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26309

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: further refined with RDC data
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY
1633D 1H-13C NOESY
1713D HNCO
1813D CBCA(CO)NH
1913D HN(CA)CB
11013D C(CO)NH
11113D HBHA(CO)NH
11222D 1H-15N HSQC
11322D 1H-13C HSQC
11432D 1H-13C HSQC
11542D 1H-15N HSQC TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.94 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] protein-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.94 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-3, 100% D2O100% D2O
41.0 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] protein-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.94 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMprotein-2[U-10% 13C; U-99% 15N]2
0.94 mMprotein-3[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.0 mMprotein-4[U-10% 13C; U-99% 15N]4
試料状態イオン強度: n.a. / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
GE AvanceGEAVANCE8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionepeak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionepeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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