[日本語] English
万見
- PDB-2kcv: Solution nmr structure of tetratricopeptide repeat domain protein... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kcv
タイトルSolution nmr structure of tetratricopeptide repeat domain protein sru_0103 from salinibacter ruber, northeast structural genomics consortium (nesg) target srr115c
要素Tetratricopeptide repeat domain protein
キーワードstructural genomics / unknown function / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / TPR / GFT NMR / RDC / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salinibacter ruber DSM 13855 (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Liu, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution nmr structure of tetratricopeptide repeat domain protein sru_0103 from salinibacter ruber, northeast structural genomics consortium (nesg) target srr115c
著者: Liu, G. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年12月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4871
ポリマ－11,4871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量: 11487.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salinibacter ruber DSM 13855 (バクテリア)
遺伝子: SRU_0103 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2S6C5

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The structure was refined with RDC constraints in addition to NOE distance and dihedral angle constraints.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
2332D 1H-15N HSQC-TROSY
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1613D 1H-13C NOESY aromatic
1714,3D GFT CABCACONHN
1814,3D GFT HNNCABCA
1914,3D GFT HABCAB(CO)NHN
11013D (H)CCH-COSY
11122D 1H-15N HSQC
11222D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.37 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.05 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] protein-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.09 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] protein-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.37 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.05 mMprotein-2[U-10% 13C; U-99% 15N]2
1.09 mMprotein-3[U-10% 13C; U-99% 15N]3
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1n.a. 6.5 ambient atm298 K
2n.a. 6.5 ambient atm298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionepeak picking
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
PSVSBhattacharya and Montelionepeak picking
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
XEASYBartels et al.精密化
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.データ解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る