PDB-2kcr: Solution structure of anntoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kcr

タイトル

Solution structure of anntoxin

要素

anntoxin

キーワード

TOXIN / Protein

機能・相同性

Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Few Secondary Structures / Irregular

機能・相同性情報

生物種

Hyla annectans (カエル)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Hong, J. / You, D. / Lai, R. / Lin, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of anntoxin
著者: Hong, J. / You, D. / Lai, R. / Lin, D.

履歴

登録	2008年12月29日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kcr.cif.gz	200.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kcr.ent.gz	169.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kcr_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kcr_full_validation.pdf.gz	906.5 KB	表示
XML形式データ	2kcr_validation.xml.gz	103.2 KB	表示
CIF形式データ	2kcr_validation.cif.gz	67.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1jv8-d 1dtk-d 5zj3-1 2m01-d 3aue-7 4pti-d 1ixa-d 3aue-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16094

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: anntoxin

6.83 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	anntoxin 分子量: 6834.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hyla annectans (カエル) / プラスミド: PET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: kunitz type

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY
1	4	2	2D 1H-1H TOCSY
1	5	2	2D 1H-1H NOESY
1	6	2	2D 1H-1H COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM protein-1, 90% H2O-2, 10% [U-2H] D2O-3, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2mM protein-4, 100% [U-2H] D2O-5, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mM	protein-1		1
90 %	H2O-2		1
10 %	D2O-3	[U-2H]	1
2 mM	protein-4		2
100 %	D2O-5	[U-2H]	2

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
ARIA	Linge, O'Donoghue, Nilges	chemical shift assignment
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read	構造決定
Sparky	Goddard	peak picking
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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