PDB-2kc5: Solution Structure of HybE from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kc5

タイトル

Solution Structure of HybE from Escherichia coli

要素

Hydrogenase-2 operon protein hybE

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

preprotein binding / protein maturation
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Jin, C. / Shao, X. / Lu, J. / Li, Y.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the Escherichia coli HybE reveals a novel fold
著者: Shao, X. / Lu, J. / Hu, Y. / Xia, B. / Jin, C.

履歴

登録	2008年12月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kc5.cif.gz	964.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kc5.ent.gz	815.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kc5_validation.pdf.gz	355.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kc5_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	2kc5_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	2kc5_validation.cif.gz	77 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4uv2-17 4jau-d 1ckq-d 1ysn-d 2lm0-d 2o1y-d 5b3z-3 6guv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydrogenase-2 operon protein hybE

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Hydrogenase-2 operon protein hybE 分子量: 17979.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: hybE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AAN1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	6	1	3D (H)CCH-COSY
1	7	1	3D HNCO
1	8	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1mM [U-99% 15N] 50mM NaCl, 50mM PBS-1, 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 50mM NaCl, 50mM PBS-2, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	50mM NaCl, 50 mM PBS-1	[U-99% 15N]	1
1 mM	50mM NaCl, 50 mM PBS-2	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR		Bruker Biospin	collection
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView		Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
Amber	9	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 4243 / NOE intraresidue total count: 625 / NOE long range total count: 2506 / NOE medium range total count: 539 / NOE sequential total count: 249

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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