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万見
- PDB-2kbr: Solution structure of harmonin N terminal domain in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kbr
タイトルSolution structure of harmonin N terminal domain in complex with a internal peptide of cadherin23
要素
  • 18-meric peptide from Cadherin-23
  • Harmonin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/CELL ADHESION / PROTEIN COMPLEX / Alternative splicing / Coiled coil / Deafness / Hearing / Non-syndromic deafness / Polymorphism / Retinitis pigmentosa / Sensory transduction / Usher syndrome / Vision / Calcium / Cell adhesion / Cell membrane / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / STRUCTURAL PROTEIN-CELL ADHESION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microvillus / brush border assembly / regulation of microvillus length / stereocilia ankle link complex / parallel actin filament bundle assembly / cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development ...protein localization to microvillus / brush border assembly / regulation of microvillus length / stereocilia ankle link complex / parallel actin filament bundle assembly / cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / photoreceptor cell maintenance / catenin complex / response to stimulus / auditory receptor cell stereocilium organization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / spectrin binding / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / brush border / microvillus / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / regulation of cytosolic calcium ion concentration / visual perception / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / cilium / G2/M transition of mitotic cell cycle / calcium ion transport / apical part of cell / protein-containing complex assembly / cytoskeleton / cadherin binding / centrosome / synapse / calcium ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Harmonin, N-terminal domain / Harmonin / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. ...Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Harmonin, N-terminal domain / Harmonin / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadherin-23 / Harmonin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 20
データ登録者Pan, L. / Yan, J. / Wu, L. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Assembling stable hair cell tip link complex via multidentate interactions between harmonin and cadherin 23
著者: Pan, L. / Yan, J. / Wu, L. / Zhang, M.
履歴
登録2008年12月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Harmonin
B: 18-meric peptide from Cadherin-23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7972
ポリマ－11,7972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Harmonin / Usher syndrome type-1C protein / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Antigen NY-CO- ...Usher syndrome type-1C protein / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / PDZ-73 protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-3


分子量: 9567.099 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminal domain, residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARMONIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y6N9
#2: タンパク質・ペプチド 18-meric peptide from Cadherin-23 / Otocadherin


分子量: 2230.370 Da / 分子数: 1 / 断片: internal domein, UNP residues 3182-3200 / Mutation: A107E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Cadherin23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H251

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H COSY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 100mM potassium phosphate-1, 1mM DTT-2, 1mM EDTA-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
100 mMpotassium phosphate-11
1 mMDTT-21
1 mMEDTA-31
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readchemical shift calculation
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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