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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kar | ||||||
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タイトル | HNE-dG adduct mismatched with dA in acidic solution | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA / HNE-dG / mismatch / hydroxynonenal | ||||||
機能・相同性 | (4S)-nonane-1,4-diol / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Huang, H. / Wang, H. / Lloyd, R.S. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2009 タイトル: Conformational interconversion of the trans-4-hydroxynonenal-derived (6S,8R,11S) 1,N(2)-deoxyguanosine adduct when mismatched with deoxyadenosine in DNA 著者: Huang, H. / Wang, H. / Lloyd, R.S. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kar.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kar.ent.gz | 17 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2kar_validation.pdf.gz | 307.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2kar_full_validation.pdf.gz | 307 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2kar_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2kar_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2kar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2kar | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The DNA oligomer is chemically synthesized. |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3687.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The DNA oligomer is chemically synthesized. |
#3: 化合物 | ChemComp-HND / ( |
非ポリマーの詳細 | THE LIGAND HND FORMS TWO COVALENT BONDS WITH THE DEOXY-GUANINE AT POSITION 7 OF CHAIN A. THIS ...THE LIGAND HND FORMS TWO COVALENT BONDS WITH THE DEOXY-GUANINE AT POSITION 7 OF CHAIN A. THIS LIGAND IS FORMED BY CHEMICAL REACTION OF ANOTHER LIGAND HNE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D 1H-1H NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.0 mM DNA 5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DC)-3', 1.0 mM 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DC)-3', 1.0 mM (2E,4R)-4-HYDROXYNON-2-ENAL, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: Amber 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: closest to the average |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |