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万見
- PDB-2kad: Magic-Angle-Spinning Solid-State NMR Structure of Influenza A M2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kad
タイトルMagic-Angle-Spinning Solid-State NMR Structure of Influenza A M2 Transmembrane Domain
要素Transmembrane peptide of Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane helix / proton channel / lipid bilayers / influenza A / Alternative splicing / Hydrogen ion transport / Ion transport / Ionic channel / Lipoprotein / Palmitate / Phosphoprotein / Signal-anchor / Transport / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
手法個体NMR / torsion angle dynamics
Model details13C and 15N chemical shifts of DLPC-bound M2(22-46) measured by solid-state NMR.
データ登録者Hong, M. / Cady, S.D. / Mishanina, T.V.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of amantadine-bound M2 transmembrane peptide of influenza A in lipid bilayers from magic-angle-spinning solid-state NMR: the role of Ser31 in amantadine binding.
著者: Cady, S.D. / Mishanina, T.V. / Hong, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Amantadine-induced conformational and dynamical changes of the influenza M2 transmembrane proton channel.
著者: Cady, S.D. / Hong, M.
#2: ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2007
タイトル: Side-chain conformation of the M2 transmembrane peptide proton channel of influenza a virus from 19F solid-state NMR.
著者: Luo, W. / Mani, R. / Hong, M.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Determination of the oligomeric number and intermolecular distances of membrane protein assemblies by anisotropic 1H-driven spin diffusion NMR spectroscopy.
著者: Luo, W. / Hong, M.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane peptide of Matrix protein 2
B: Transmembrane peptide of Matrix protein 2
C: Transmembrane peptide of Matrix protein 2
D: Transmembrane peptide of Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9045
ポリマ－10,7534
非ポリマー1511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Transmembrane peptide of Matrix protein 2 / Proton channel protein M2


分子量: 2688.215 Da / 分子数: 4
断片: Transmembrane peptide of influenza A M2 protein: UNP residues 22-46
由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase peptide synthesis / 参照: UniProt: O70632
#2: 化合物 ChemComp-308 / (3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / Amantadine


分子量: 151.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
詳細: 13C and 15N chemical shifts of DLPC-bound M2(22-46) measured by solid-state NMR.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 13C-13C DQF COSY
1212D 15N-13C HETCOR
1312D DARR
1412D INADEQUATE

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試料調製

詳細内容: 4-6 mg/mL Selective U-13C, 15N labeled M2 Transmembrane Peptide, 15-25 mg/mL DLPC, 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 1 mM EDTA, 20-25 mL H2O, Solid-State NMR: Hydrated DLPC gel, ...内容: 4-6 mg/mL Selective U-13C, 15N labeled M2 Transmembrane Peptide, 15-25 mg/mL DLPC, 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 1 mM EDTA, 20-25 mL H2O, Solid-State NMR: Hydrated DLPC gel, approx. 50% H2O by weight. DLPC:M2TMP:Amantadine 15:1:8
溶媒系: Solid-State NMR: Hydrated DLPC gel, approx. 50% H2O by weight. DLPC:M2TMP:Amantadine 15:1:8
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mg/mLM2 Transmembrane PeptideSelective U-13C, 15N labeled4-61
mg/mLDLPC15-251
10 mMsodium phosphate1
0.1 mMsodium azide1
1 mMEDTA1
mg/mLH2O20-251
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 243 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DRXBrukerDRX4002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
Insight II2005Accelrys Software Inc.構造決定
Insight II2005Accelrys Software Inc.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: TALOS
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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