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万見
- PDB-2ka3: Structure of EMILIN-1 C1Q-like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ka3
タイトルStructure of EMILIN-1 C1Q-like domain
要素EMILIN-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / EMILIN-1 / C1Q-like domain / Homotrimeric protein complex / Beta-sandwich / Cell adhesion / extracellular matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


EMILIN complex / negative regulation of collagen fibril organization / negative regulation of macrophage migration / extracellular matrix constituent conferring elasticity / negative regulation of cell activation / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / elastic fiber assembly / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium ...EMILIN complex / negative regulation of collagen fibril organization / negative regulation of macrophage migration / extracellular matrix constituent conferring elasticity / negative regulation of cell activation / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / elastic fiber assembly / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of collagen biosynthetic process / collagen trimer / positive regulation of platelet aggregation / aortic valve morphogenesis / positive regulation of cell-substrate adhesion / Molecules associated with elastic fibres / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of cell migration / negative regulation of angiogenesis / cell-matrix adhesion / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / cell migration / regulation of cell population proliferation / : / molecular adaptor activity / cell adhesion / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
EMI domain / EMI domain / EMI domain profile. / : / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...EMI domain / EMI domain / EMI domain profile. / : / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, restrained energy minimization
データ登録者Verdone, G. / Corazza, A. / Colebrooke, S.A. / Cicero, D.O. / Eliseo, T. / Boyd, J. / Doliana, R. / Fogolari, F. / Viglino, P. / Colombatti, A. ...Verdone, G. / Corazza, A. / Colebrooke, S.A. / Cicero, D.O. / Eliseo, T. / Boyd, J. / Doliana, R. / Fogolari, F. / Viglino, P. / Colombatti, A. / Campbell, I.D. / Esposito, G.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2009
タイトル: NMR-based homology model for the solution structure of the C-terminal globular domain of EMILIN1
著者: Verdone, G. / Corazza, A. / Colebrooke, S.A. / Cicero, D. / Eliseo, T. / Boyd, J. / Doliana, R. / Fogolari, F. / Viglino, P. / Colombatti, A. / Campbell, I.D. / Esposito, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The solution structure of EMILIN1 globular C1q domain reveals a disordered insertion necessary for interaction with the alpha4beta1 integrin
著者: Verdone, G. / Doliana, R. / Corazza, A. / Colebrooke, S.A. / Spessotto, P. / Bot, S. / Bucciotti, F. / Capuano, A. / Silvestri, A. / Viglino, P. / Campbell, I.D. / Colombatti, A. / Esposito, G.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: Sequence-specific backbone NMR assignments for the C-terminal globular domain of EMILIN-1
著者: Verdone, G. / Colebrooke, S.A. / Boyd, J. / Viglino, P. / Corazza, A. / Doliana, R. / Mungiguerra, G. / Colombatti, A. / Esposito, G. / Campbell, I.D.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Self-assembly and supramolecular organization of EMILIN
著者: Mongiat, M. / Mungiguerra, G. / Bot, S. / Mucignat, M.T. / Giacomello, E. / Doliana, R. / Colombatti, A.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EMILIN-1
B: EMILIN-1
C: EMILIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6823
ポリマ－51,6823
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 EMILIN-1 / Elastin microfibril interface-located protein 1 / Elastin microfibril interfacer 1


分子量: 17227.217 Da / 分子数: 3
断片: C-Terminal domain, C1q domain, UNP residues 867-1016
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EM1, EMILIN1 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): M15 cells / 参照: UniProt: Q9Y6C2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-NOESY-HSQC
124IPAP 1H,15N-HSQC
134TROSY 1H-15N HSQC
1443D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] C1q, 20mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride, 0.02% NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0mM [U-100% 15N; 70% 2H] C1q, 20mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride, 0.02% NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C1q, 20mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride, 0.02% NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] C1q, 20mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride, 0.02% NaN3, in polyacrylamide gel (Acrylamide:bisacrylamide=4%:3%), 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMC1q[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]1
20 mMphosphate buffer1
100 mMsodium chloride1
0.02 w/vNaN31
1.0 mMC1q[U-100% 15N; 70% 2H]2
20 mMphosphate buffer2
100 mMsodium chloride2
0.02 w/vNaN32
1.0 mMC1q[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMphosphate buffer3
100 mMsodium chloride3
0.02 w/vNaN33
0.6 mMC1q[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]4
20 mMphosphate buffer4
100 mMsodium chloride4
0.02 w/vNaN34
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE OMEGAGEOMEGA5001
GE OMEGAGEOMEGA6002
GE OMEGAGEOMEGA7503
Bruker AvanceBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2Bruker Biospincollection
Felix2.3Accelrys Software Inc.データ解析
XEASY1.2Bartels et al.データ解析
Sparky3.106Goddardデータ解析
X-PLOR2.9.9Brunger精密化
NAMD2.6b2Schulten et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, restrained energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was obtained as the refinement of the homology model of emilin trimer C1q-domain based on the chain A of ACRP-30 crystal structure. The quaternary structure of C1q-domain ...詳細: The structure was obtained as the refinement of the homology model of emilin trimer C1q-domain based on the chain A of ACRP-30 crystal structure. The quaternary structure of C1q-domain homology model was built with a three-fold simmetry axis. The region between Tyr927 and Gly945 was not modelled and was not included in the refinement. Dihedral angles (obtained with TALOS), RDC values, NOE constraints were used in the refinement procedure. The structures were further refined in order to improve the quality of backbone geometry. For this purpose 2,000 steps of restrained energy minimization were performed using the program NAMD (Kale et al. 1999). The forcefield used is CHARMM v.27b (MacKerell et al. 1998) with the CMAP correction (MacKerell et al., 2004). Since the program does not readily incorporate RDC derived restraints, the z co-ordinates of the backbone amide N and H atoms were restrained at their starting values. Only NOE derived restraints and chemical-shift-derived dihedral angle restraints (with unequivocal secondary structure definition) were imposed.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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