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- PDB-1c28: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLMENT-1Q FAMILY PROTEIN SUGGESTS A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c28
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLMENT-1Q FAMILY PROTEIN SUGGESTS AN EVOLUTIONARY LINK TO TUMOR NECROSIS FACTOR
要素PROTEIN (30 KD ADIPOCYTE COMPLEMENT-RELATED PROTEIN PRECURSOR (ACRP30))
キーワードSERUM PROTEIN / ACRP30 C1Q TNF TRIMER ALL-BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / negative regulation of intracellular protein transport / positive regulation of metanephric podocyte development / positive regulation of renal albumin absorption / negative regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of cholesterol import / positive regulation of glycogen (starch) synthase activity / response to linoleic acid / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / positive regulation of myeloid cell apoptotic process ...AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / negative regulation of intracellular protein transport / positive regulation of metanephric podocyte development / positive regulation of renal albumin absorption / negative regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of cholesterol import / positive regulation of glycogen (starch) synthase activity / response to linoleic acid / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / positive regulation of myeloid cell apoptotic process / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / adiponectin-activated signaling pathway / negative regulation of macrophage differentiation / negative regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of signal transduction / detection of oxidative stress / negative regulation of granulocyte differentiation / negative regulation of hormone secretion / low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / sialic acid binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / response to sucrose / negative regulation of DNA biosynthetic process / collagen trimer / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of fat cell differentiation / fatty acid beta-oxidation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / fatty acid oxidation / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor production / response to tumor necrosis factor / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of MAP kinase activity / negative regulation of gluconeogenesis / brown fat cell differentiation / response to glucose / response to glucocorticoid / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of blood pressure / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / response to nutrient / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of cell migration / negative regulation of receptor binding / protein localization to plasma membrane / response to activity / cell periphery / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of D-glucose import / response to bacterium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / hormone activity / negative regulation of inflammatory response / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / circadian rhythm / glucose homeostasis / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / gene expression / response to ethanol / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to hypoxia / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls ...: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shapiro, L. / Scherer, P.
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of a complement-1q family protein suggests an evolutionary link to tumor necrosis factor.
著者: Shapiro, L. / Scherer, P.E.
履歴
登録1999年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (30 KD ADIPOCYTE COMPLEMENT-RELATED PROTEIN PRECURSOR (ACRP30))
B: PROTEIN (30 KD ADIPOCYTE COMPLEMENT-RELATED PROTEIN PRECURSOR (ACRP30))
C: PROTEIN (30 KD ADIPOCYTE COMPLEMENT-RELATED PROTEIN PRECURSOR (ACRP30))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8793
ポリマ－46,8793
非ポリマー00
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.3, 112.3, 71.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (30 KD ADIPOCYTE COMPLEMENT-RELATED PROTEIN PRECURSOR (ACRP30))


分子量: 15626.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60994
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8% PEG 4K, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4. ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
21.8 %PEG40001reservoir
30.1 MBis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→8 Å / Num. all: 29616 / Num. obs: 27888 / % possible obs: 92.82 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.05
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1290 -5%
Rwork0.212 ---
obs0.212 27489 92.8 %-
all-27489 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 0 389 3132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.899
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.8 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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