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万見
- PDB-2k9z: NMR structure of the protein TM1112 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9z
タイトルNMR structure of the protein TM1112
要素uncharacterized protein TM1112
キーワードstructural genomics / unknown function / Thermotoga Maritima / TM1112 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性(S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / (S)-ureidoglycine aminohydrolase cupin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Mohanty, B. / Pedrini, B. / Serrano, P. / Geralt, M. / Horst, R. / Herrmann, T. / Wilson, I.A. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Comparison of NMR and crystal structures for the proteins TM1112 and TM1367.
著者: Mohanty, B. / Serrano, P. / Pedrini, B. / Jaudzems, K. / Geralt, M. / Horst, R. / Herrmann, T. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A. / Wuthrich, K.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein TM1112


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7741
ポリマ－10,7741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80CYANA TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein TM1112


分子量: 10774.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
生物種: maritima / 遺伝子: TM_1112 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta DE3 / 参照: UniProt: Q9X0J6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D [15N,1H]-HSQC
1212D [13C,1H]-HSQC
1314D-APSY-HACANH
1415D-APSY-(HA)CA(CO)NH
1515D-APSY-CBCA(CO)NH
1613D 15N-RESOLVED [1H,1H]-NOESY
1713D 13C-RESOLVED [1H,1H]-NOESY (ALIPHATIC 13C)
1813D 13C-RESOLVED [1H,1H]-NOESY (AROMATIC 13C)

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試料調製

詳細内容: 1.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TM1112, 0.5mM DTT, 4.5 mM D10-DTT, 25 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMTM1112[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.5 mMDTT1
4.5 mMD10-DTT1
25 mMpotassium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.03 %sodium azide1
試料状態イオン強度: 0.2M / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CANDID2Herrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
ASCANASCAN Fiorito, Herrmann, Damberger and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
TopSpin1.3Bruker Biospinデータ解析
TopSpin1.3Bruker Biospinデータ解析
MATCHVolk, Herrmann and Wuthrichデータ解析
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: CYANA TARGET FUNCTION / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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