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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9q
タイトルSolution NMR structure of HTH_XRE family transcriptional regulator BT_p548217 from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR244.
要素uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / all helix / helix-turn-helix / Plasmid / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A - #30 / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsHTH_XRE superfamily protein all helix HTH_3 helix-turn-helix
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Zhao, L. / Jiang, M. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Zhao, L. / Jiang, M. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of HTH_XRE family transcriptional regulator BT_p548217 from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR244.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Zhao, L. / Jiang, M. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2008年10月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7772
ポリマ－17,7772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 8888.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
生物種: thetaiotaomicron / 遺伝子: BT_p548217, p5482_17 / プラスミド: pET21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pMGK / 参照: UniProt: Q8ABY1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: HTH_XRE superfamily protein all helix HTH_3 helix-turn-helix
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1342D 1H-13C HSQC
1432D 1H-13C HSQC
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
1724D 1H-13C NOESY
1813D HNCO
1923D 1H-13C NOESY
11013D HNCA
11113D HN(CO)CA
11213D CBCA(CO)NH
11313D HN(CA)CB
11413D C(CO)NH
11513D HBHA(CO)NH
11613D (H)CCH-TOCSY
11713D (H)CCH-COSY
11822D 1H-15N HSQC
11922D 1H-13C HSQC
12033D 1H-13C ED-FILT NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
220 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, .9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O100% D2O
320 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, .5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, .5 mM protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
420 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMammonium acetate1
100 mMsodium chloride1
5 mMcalcium chloride1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
0.9 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate2
100 mMsodium chloride2
5 mMcalcium chloride2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
.9 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate3
100 mMsodium chloride3
5 mMcalcium chloride3
10 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
.5 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]3
.5 mMprotein-23
20 mMammonium acetate4
100 mMsodium chloride4
5 mMcalcium chloride4
10 mMDTT4
0.02 %sodium azide4
1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 100 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8503
Varian INOVAVarianINOVA5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipelinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5(PDBStat) R. Tejero, G.T. Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NIH-Xplor-2.20 refinement with hydrogen bond PMF, radius of gyration, etc.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4.1 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.28 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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