[日本語] English
万見
- PDB-2k9b: Structure and membrane interactions of the antibiotic peptide der... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9b
タイトルStructure and membrane interactions of the antibiotic peptide dermadistinctin K by multidimensional solution and oriented 15N and 31P solid-state NMR spectroscopy
要素Dermadistinctin-K
キーワードANTIBIOTIC / amphipathic alpha-helix / membrane protein structure determination / C-TERMINAL CARBOXYAMIDATION / ANTIMICROBIAL PROTEIN / Amphibian defense peptide / Antimicrobial / Secreted
機能・相同性Dermaseptin / Dermaseptin / defense response to bacterium / extracellular region / Dermaseptin-DI1
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Moraes, C.M. / Verly, R.M. / Resende, J.M. / Aisenbrey, C. / Bemquerer, M.P. / Pilo-Veloso, D. / Valente, A. / Almeida, F.C.L. / Bechinger, B.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2009
タイトル: Structure and membrane interactions of the antibiotic peptide dermadistinctin K by multidimensional solution and oriented 15N and 31P solid-state NMR spectroscopy.
著者: Verly, R.M. / de Moraes, C.M. / Resende, J.M. / Aisenbrey, C. / Bemquerer, M.P. / Pilo-Veloso, D. / Valente, A.P. / Almeida, F.C.L. / Bechinger, B.
履歴
登録2008年10月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dermadistinctin-K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1571
ポリマ－3,1571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Dermadistinctin-K / DD K


分子量: 3156.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: the peptide was prepared by solid-phase synthesis using Fmoc chemistry
参照: UniProt: P83638
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of Dermadistinctin K (DD K) in DPC micelles
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細内容: 2.0 mM dd k, 400 mM [U-2H] DPCd38, 400mM DPCd38/H2O / 溶媒系: 400mM DPCd38/H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMdd k1
400 mMDPCd38[U-2H]1
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE INTENSITIES WERE CONVERTED INTO SEMI-QUANTITATIVE DISTANCE RESTRAINS. THE UPPER LIMITS OF THE DISTANCES RESTRAINS THUS OBTAINED WERE 2.8, 3.4 AND 5.0 A (STRONG, MEDIUM, AND WEAK NOES ...詳細: NOE INTENSITIES WERE CONVERTED INTO SEMI-QUANTITATIVE DISTANCE RESTRAINS. THE UPPER LIMITS OF THE DISTANCES RESTRAINS THUS OBTAINED WERE 2.8, 3.4 AND 5.0 A (STRONG, MEDIUM, AND WEAK NOES RESPECTIVELY). STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED USING THE XPLOR-NIH SOFTWARE, VERSION 2.17.0 (SCHWIETERS ET AL., 2003). STARTING WITH THE EXTENDED STRUCTURE, 500 STRUCTURES WERE GENERATED USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. THIS WAS FOLLOWED BY 20000 STEPS OF SIMULATED ANNEALING AT 1000 K AND A SUBSEQUENT DECREASE IN TEMPERATURE IN 15000 STEPS IN THE FIRST SLOW-COOL ANNEALING STAGE.
NMR constraintsNOE constraints total: 270 / NOE intraresidue total count: 169 / NOE medium range total count: 31 / NOE sequential total count: 70
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る