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- PDB-2k8x: GlyTM1b(1-19)zip: A Chimeric Peptide Model of the N-Terminus of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k8x
タイトルGlyTM1b(1-19)zip: A Chimeric Peptide Model of the N-Terminus of a Rat Short Alpha-Tropomyosin with the N-Terminus Encoded by Exon 1b in Complex with TM9d(252-284), a Peptide Model Containing the C Terminus of Alpha-Tropomyosin Encoded by Exon 9d
要素TM1b(1-19)Zip
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / tropomyosin / N terminus / protein complex / C terminus / tropomodulin binding protein / overlap complex / coiled coil / cytoskeletal regulatory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsThe structure of TM1b(1-19)Zip labeled with 13C and 15N in the presence of unlabeled TM9d(252-284)
データ登録者Greenfield, N.J. / Kotylanskaya, L. / Hitchcock-DeGregori, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure of the N terminus of a nonmuscle alpha-tropomyosin in complex with the C terminus: implications for actin binding.
著者: Greenfield, N.J. / Kotlyanskaya, L. / Hitchcock-DeGregori, S.E.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TM1b(1-19)Zip
B: TM1b(1-19)Zip


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6642
ポリマ－8,6642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TM1b(1-19)Zip


分子量: 4331.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: TPM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P03069*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The structure of TM1b(1-19)Zip labeled with 13C and 15N in the presence of unlabeled TM9d(252-284)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1512D 1H-15N HSQC
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D HN(CO)CA
11013D 1H-13C NOESY
111113C 15N X-filtered NOESY
112313C 15N X-filtered NOESY
11312D 1H-13C HSQC
11413D (H)CCH-COSY
11513D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TM1b(1-19)Zip, 1 mM TM9d(252-284), 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N] TM1b(1-19)Zip, 1 mM TM9d(252-284), 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TM1b(1-19)Zip, 0.5 mM TM1b(1-19)Zip, 1 mM TM9d(252-284), 90% H2O/10% D2Osample_390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTM1b(1-19)Zip[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMTM9d(252-284)natural abundance1
1 mMTM1b(1-19)Zip[U-15N]2
1 mMTM9d(252-284)natural abundance2
0.5 mMTM1b(1-19)Zip[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1 mMTM9d(252-284)natural abundance3
試料状態イオン強度: 0.14 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoStructure1.12Huang, Y. et al.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T. et al.精密化
Sparky3.111Goddard, T. et al.peak picking
NMRPipe1.1Delaglio, F. et al.解析
NMRDrawDelaglio, F. et al.解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures obtained using AutoStructure were refined using CNS and included a term for explicit solvent in the refinement protocol
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 0 / NA beta-angle constraints total count: 0 / NA chi-angle constraints total count: 0 / NA epsilon-angle constraints total count: 0 / NA gamma-angle constraints total count: 0 / NA other-angle constraints total count: 0 / NOE constraints total: 3276 / NOE intraresidue total count: 1544 / NOE long range total count: 128 / NOE medium range total count: 864 / NOE sequential total count: 740 / Disulfide bond constraints total count: 0 / Hydrogen bond constraints total count: 112 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 128 / Protein psi angle constraints total count: 128
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルAverage constraint violations per residue: 0 / Average constraints per residue: 0 / Average distance constraint violation: 0 Å / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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