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万見
- PDB-2k8p: Characterisation of the structural features and interactions of s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k8p
タイトルCharacterisation of the structural features and interactions of sclerostin: molecular insight into a key regulator of Wnt-mediated bone formation
要素Sclerostin
キーワードSIGNALING PROTEIN / WNT SIGNALLING PATHWAY / BONE FORMATION / Alternative splicing / Glycoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / BMP binding / negative regulation of ossification / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / response to mechanical stimulus / BMP signaling pathway ...Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / BMP binding / negative regulation of ossification / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / response to mechanical stimulus / BMP signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / TCF dependent signaling in response to WNT / ossification / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / carbohydrate binding / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sclerostin/Sclerostin domain-containing protein 1 / Sclerostin (SOST) / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Veverka, V. / Henry, A.J. / Slocombe, P.M. / Ventom, A. / Mulloy, B. / Muskett, F.W. / Muzylak, M. / Greenslade, K. / Moore, A. / Zhang, L. ...Veverka, V. / Henry, A.J. / Slocombe, P.M. / Ventom, A. / Mulloy, B. / Muskett, F.W. / Muzylak, M. / Greenslade, K. / Moore, A. / Zhang, L. / Gong, J. / Qian, X. / Paszty, C. / Taylor, R.J. / Robinson, M.K. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Characterization of the Structural Features and Interactions of Sclerostin: Molecular insight into a key regulator of Wnt-mediated bone formation
著者: Veverka, V. / Henry, A.J. / Slocombe, P.M. / Ventom, A. / Mulloy, B. / Muskett, F.W. / Muzylak, M. / Greenslade, K. / Moore, A. / Zhang, L. / Gong, J. / Qian, X. / Paszty, C. / Taylor, R.J. / ...著者: Veverka, V. / Henry, A.J. / Slocombe, P.M. / Ventom, A. / Mulloy, B. / Muskett, F.W. / Muzylak, M. / Greenslade, K. / Moore, A. / Zhang, L. / Gong, J. / Qian, X. / Paszty, C. / Taylor, R.J. / Robinson, M.K. / Carr, M.D.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sclerostin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4321
ポリマ－21,4321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)36 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Sclerostin


分子量: 21432.332 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25 to 213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOST, UNQ2976/PRO7455/PRO7476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQB4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H NOESY
1533D CBCA(CO)NH
1633D HN(CA)CB
1733D (H)CCH-TOCSY
1823D 1H-13C NOESY
1933D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1310 uM entity, 5 % D2O, 95 % H2O, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2250 uM [U-15N] entity, 5 % D2O, 95 % H2O, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3200 uM [U-13C; U-15N] entity, 5 % D2O, 95 % H2O, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
310 uMentity1
5 %D2O1
95 %H2O1
25 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
250 uMentity[U-15N]2
5 %D2O2
95 %H2O2
25 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
200 uMentity[U-13C; U-15N]3
5 %D2O3
95 %H2O3
25 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
試料状態イオン強度: 100 / pH: 5.5 / 圧: ambient atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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