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万見
- PDB-2k7y: Solution fold of HIV-1 Virus protein U cytoplasmic domain in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k7y
タイトルSolution fold of HIV-1 Virus protein U cytoplasmic domain in the presence of DPC micelles
要素Protein Vpu
キーワードVIRAL PROTEIN / PROTEIN / AIDS / Apoptosis / Host-virus interaction / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor catabolic process / CD4 receptor binding / viral release from host cell / host cell membrane / monoatomic cation channel activity / suppression by virus of host tetherin activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / lipid binding / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic domain of VPU protein / HIV-1 VPU cytoplasmic domain / Vpu protein / Vpu protein cytoplasmic domain superfamily / Vpu protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Wittlich, M. / Koenig, B.W. / Willbold, D.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: NMR structural characterization of HIV-1 virus protein U cytoplasmic domain in the presence of dodecylphosphatidylcholine micelles
著者: Wittlich, M. / Koenig, B.W. / Stoldt, M. / Schmidt, H. / Willbold, D.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Vpu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0141
ポリマ－5,0141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Protein Vpu / Viral protein U / U ORF protein


分子量: 5014.283 Da / 分子数: 1 / 断片: VpU cytoplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HV1S1 / 遺伝子: vpu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19554

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D C(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HN(CO)CA
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D HNHA
1913D (H)CCH-COSY
11013D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VpUcyt, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.02 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMVpUcyt[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMDPC[U-100% 2H]1
100 mMsodium chloride1
20 mMsodium phosphate1
0.02 w/vsodium azide1
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4a.5Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4a.5Keller and Wuthrich解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
RADARHerrmann, Guntert, Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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