PDB-2k7n: Solution structure of the PPIL1 bound to a fragment of SKIP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k7n

タイトル

Solution structure of the PPIL1 bound to a fragment of SKIP

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1

キーワード

ISOMERASE / beta barrel / disorder-order transition / hook-like / mRNA processing / mRNA splicing / Rotamase / Spliceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

embryonic brain development / U2-type catalytic step 2 spliceosome / protein peptidyl-prolyl isomerization / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / CYANA, simulated annealin

データ登録者

Wang, X. / Wu, J. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of PPIL1 Bound to the Fragment of SKIP Shown Disorder-Order Transition Induced by Protein Binding
著者: Wang, X. / Wu, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2008年8月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k7n.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k7n.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2k7n_validation.pdf.gz	544.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2k7n_full_validation.pdf.gz	914.8 KB	表示
XML形式データ	2k7n_validation.xml.gz	112.5 KB	表示
CIF形式データ	2k7n_validation.cif.gz	135.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/2k7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/2k7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6u09-4 1ejh-3 2fbe-2 2pnl-4 5gw6-d 2j0v-4 6u09-1 3kec-2 4z9b-d 1you-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15922

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (9) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (8) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1

21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 400	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy, fewest violation

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIL1 / PPIase / Rotamase 分子量: 21534.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIL1, CYPL1, CGI-124, UNQ2425/PRO4984 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
2	1	1	3D 13C-separated NOES

-
試料調製

詳細	内容: 100% D2O, 100% H2O / 溶媒系: 100% D2O, 100% H2O
試料状態	イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: CNS / 分類: 精密化
精密化	手法: CYANA, simulated annealin / ソフトェア番号: 1 / 詳細: using by CNS in explict water
代表構造	選択基準: lowest energy, fewest violation
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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