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万見
- PDB-2k7h: NMR solution structure of soybean allergen Gly m 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k7h
タイトルNMR solution structure of soybean allergen Gly m 4
要素Stress-induced protein SAM22
キーワードALLERGEN / allergens / soybean / protein / Pathogenesis-related protein / Plant defense
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stress-induced protein SAM22
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Berkner, H. / Neudecker, P. / Mittag, D. / Ballmer-Weber, B.K. / Schweimer, K. / Vieths, S. / Roesch, P.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2009
タイトル: Cross-reactivity of pollen and food allergens: soybean Gly m 4 is a member of the Bet v 1 superfamily and closely resembles yellow lupine proteins
著者: Berkner, H. / Neudecker, P. / Mittag, D. / Ballmer-Weber, B.K. / Schweimer, K. / Vieths, S.
履歴
登録2008年8月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stress-induced protein SAM22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6591
ポリマ－16,6591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stress-induced protein SAM22 / Starvation-associated message 22 / Allergen Gly m 4


分子量: 16658.553 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26987

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-15N HSQC
1323D HNHA
1423D 1H-15N TOCSY
1523D 1H-15N NOESY
1623D NNH NOESY
1733D HNCA
1833D CBCA(CO)NH
1933D H(CCO)NH
11032D 1H-13C HSQC
11133D (H)CCH-COSY
11233D 1H-13C NOESY
11333D CNH NOESY
11433D HNCO
11533D HN(CA)CB
11633D HBHA(CO)NH
11733D C(CO)NH
11833D (H)CCH-COSY
11933D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM Gly m 4, 10-50mM potassium phosphate, 0.02% sodium azide, 100% D2O100% D2O
20.7-1.5mM [U-99% 15N] Gly m 4, 10-50mM potassium phosphate, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7-1.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Gly m 4, 10-50mM potassium phosphate, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMGly m 41
10 mMpotassium phosphate1
0.02 %sodium azide1
0.7 mMGly m 4[U-99% 15N]2
10 mMpotassium phosphate2
0.02 %sodium azide2
0.7 mMGly m 4[U-99% 13C; U-99% 15N]3
10 mMpotassium phosphate3
0.02 %sodium azide3
試料状態pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIH1.2.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore構造決定
X-PLOR NIH1.2.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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