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万見
- PDB-2k6s: Structure of Rab11-FIP2 C-terminal Coiled-coil Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k6s
タイトルStructure of Rab11-FIP2 C-terminal Coiled-coil Domain
要素Rab11fip2 protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab11-FIP2 / Coiled-coil Domain / Solution Structure
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulated exocytosis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / establishment of cell polarity / phagocytic cup / phagocytosis / positive regulation of GTPase activity / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulated exocytosis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / establishment of cell polarity / phagocytic cup / phagocytosis / positive regulation of GTPase activity / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / recycling endosome membrane / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Rab11-family interacting protein class I / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. ...Rab11-family interacting protein class I / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab11 family-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wei, J. / Liu, Y. / Baleja, J.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Disorder and structure in the Rab11 binding domain of Rab11 family interacting protein 2.
著者: Wei, J. / Liu, Y. / Bose, K. / Henry, G.D. / Baleja, J.D.
履歴
登録2008年7月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab11fip2 protein
B: Rab11fip2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0102
ポリマ－10,0102
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Rab11fip2 protein


分子量: 5004.783 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal Coiled-coil Domain (UNP residues 450-489)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rab11fip2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L804

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H COSY
1312D 1H-1H NOESY
1433D HNCO
1533D HNCA
1633D HN(CA)CB
1733D HN(CO)CA
1833D (H)CCH-TOCSY
1933D CBCA(CO)NH
11022D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM protein, 20 uM DSS, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
21.5 mM [U-100% 15N] protein, 20 uM DSS, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 uM DSS, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity1
20 uMDSS1
20 mMsodium phosphate1
1.5 mMentity[U-100% 15N]2
20 uMDSS2
20 mMsodium phosphate2
0.8 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 uMDSS3
20 mMsodium phosphate3
試料状態イオン強度: 0.08 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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