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万見
- PDB-2k6l: The solution structure of XACb0070 from Xanthonomas axonopodis pv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k6l
タイトルThe solution structure of XACb0070 from Xanthonomas axonopodis pv citri reveals this new protein is a member of the RHH family of transcriptional repressors
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Xanthonomas axonopodis / RHH / structural proteomics / Plasmid / Hypothetical DNA binding protein
機能・相同性XACb0070, ribbon-helix-helix domain / Ribbon-helix-helix domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / RHH_6 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsThis entry consists in the structure of the hydrophobic core of XACb0070 (residues 1-51)
データ登録者Gallo, M. / Cicero, D.O. / Amata, I. / Eliseo, T. / Paci, M. / Spisni, A. / Ferrari, E. / Pertinhez, T.A. / Farah, C.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution structure reveals that XACb0070 from the plant pathogen Xanthomonas citri belongs to the RHH superfamily of bacterial DNA-binding proteins
著者: Gallo, M. / Ferrari, E. / Amata, I. / Eliseo, T. / Pertinhez, T.A. / Paci, M. / Farah, C.S. / Spisni, A. / Cicero, D.O.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5012
ポリマ－11,5012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 5750.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: XACb0070 exists as a homodimer in solution.
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
遺伝子: XACa0037, XACb0070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8NL33

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This entry consists in the structure of the hydrophobic core of XACb0070 (residues 1-51)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2222D 1H-15N HSQC
2332D 1H-13C HSQC
1412D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H NOESY
2623D CBCA(CO)NH
2723D HNCO
2823D HNCA
2923D HBHA(CO)NH
21032D 1H-1H NOESY
2112HetNOE
2122T1
2132T2

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
140mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.05% sodium azide, 0.3mM XACb0070, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
240mM sodium phosphate, 300mM sodium chloride, 0.05% sodium azide, 0.5mM XACb0070, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
340mM sodium phosphate, 300mM sodium chloride, 0.05% sodium azide, 0.5mM XACb0070, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
40 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.05 %sodium azide1
0.3 mMXACb00701
40 mMsodium phosphate2
300 mMsodium chloride2
0.05 %sodium azide2
0.5 mMXACb00702
40 mMsodium phosphate3
300 mMsodium chloride3
0.05 %sodium azide3
0.5 mMXACb00703
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1170 6.7 ambient atm313 K
2420 9.00 ambient Pa308.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE4001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5Johnson, One Moon Scientificデータ解析
Xplor-NIH精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 936 / NOE intraresidue total count: 58 / NOE long range total count: 28 / NOE medium range total count: 318 / NOE sequential total count: 380 / Hydrogen bond constraints total count: 106 / Protein chi angle constraints total count: 22 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 90 / Protein psi angle constraints total count: 78
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.006 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.505 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.03 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0108 Å / Distance rms dev error: 0.0008 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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