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万見
- PDB-2k5z: Solution structure and dynamics of the apical stem-loop of Duck h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k5z
タイトルSolution structure and dynamics of the apical stem-loop of Duck hepatitis B virus
要素Duck HBV apical loop
キーワードRNA / HBV / Duck / apical loop / epsilon
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ampt, K.A.M. / Tessari, M. / Wijmenga, S.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The unstable part of the apical stem of duck hepatitis B virus epsilon shows enhanced base pair opening but not pico- to nanosecond dynamics and is essential for reverse transcriptase binding.
著者: Ampt, K.A. / van der Werf, R.M. / Nelissen, F.H. / Tessari, M. / Wijmenga, S.S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 13C and 15N NMR assignments of Duck HBV apical stem loop of the epsilon encapsidation signal
著者: Ampt, K.A.M. / Ottink, O.M. / Girard, F.C. / Nelissen, F.H.T. / Tessari, M. / Wijmenga, S.S.
履歴
登録2008年7月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duck HBV apical loop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2481
ポリマ－9,2481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 Duck HBV apical loop


分子量: 9248.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The Sequence of this RNA can be found in Duck Hepatitis B virus

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
3222D 1H-1H NOESY
2353D 1H-13C NOESY
1432D 1H-15N HSQC
2552D 1H-15N HSQC
3622D 1H-13C HSQC
3742D 1H-13C HSQC
2852D 1H-13C HSQC
3922D DQF-COSY
21052D 1H-1H COSY
21153D (H)CCH-TOCSY
21253D HCN

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM Duck HBV apical loop, 10 mM sodium phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 95% H2O, 5% D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.2 mM Duck HBV apical loop, 10 mM sodium phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 100% D2O, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-13C; U-15N]-Ura Duck HBV apical loop, 10 mM sodium phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 5% D2O, 95% H2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-13C; U-15N]-Ura Duck HBV apical loop, 10 mM sodium phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 100% D2O, 100% D2O100% D2O
50.7 mM [U-13C; U-15N] Duck HBV apical loop, 10 mM sodium phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 5% D2O, 95% H2O, 1 mM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.7 mM [U-13C; U-15N] Duck HBV apical loop, 10 mM sodium phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 5% D2O, 95% H2O, 15 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMDuck HBV apical loop1
10 mMsodium phosphate buffer1
0.1 mMEDTA1
95 %H2O1
5 %D2O1
1.2 mMDuck HBV apical loop2
10 mMsodium phosphate buffer2
0.1 mMEDTA2
100 %D2O2
1 mMDuck HBV apical loop[U-13C; U-15N]-Ura3
10 mMsodium phosphate buffer3
0.1 mMEDTA3
5 %D2O3
95 %H2O3
1 mMDuck HBV apical loop[U-13C; U-15N]-Ura4
10 mMsodium phosphate buffer4
0.1 mMEDTA4
100 %D2O4
0.7 mMDuck HBV apical loop[U-13C; U-15N]5
10 mMsodium phosphate buffer5
0.1 mMEDTA5
5 %D2O5
95 %H2O5
1 mMDSS5
0.7 mMDuck HBV apical loop[U-13C; U-15N]6
10 mMsodium phosphate buffer6
0.1 mMEDTA6
5 %D2O6
95 %H2O6
15 mg/mLPf1 phage6
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106.7ambient 278 K
2106.7ambient 288 K
3106.7ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RDC refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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