PDB-2k5t: Solution NMR Structure of Putative N-Acetyl Transferase YhhK from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k5t

タイトル

Solution NMR Structure of Putative N-Acetyl Transferase YhhK from E. coli Bound to Coenzyme A: Northeast Structural Genomics Consortium Target ET106

要素

Uncharacterized protein yhhK

キーワード

TRANSFERASE / N-acetyl transferase / CoA / bound ligand / coenzyme A / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA binding / pantothenate biosynthetic process / zymogen activation / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / protein processing
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing

データ登録者

Cort, J.R. / Yee, A. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Putative N-Acetyl Transferase YhhK from E. coli Bound to Coenzyme A
著者: Cort, J.R. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.

履歴

登録	2008年6月30日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k5t.cif.gz	828 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k5t.ent.gz	693.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2k5t_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2k5t_full_validation.pdf.gz	570 KB	表示
XML形式データ	2k5t_validation.xml.gz	68.3 KB	表示
CIF形式データ	2k5t_validation.cif.gz	77.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/2k5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/2k5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bem-1 4pv6-16 1xtm-3 6qzu-2 4pv6-10 4pv6-2 5kv1-d 5t5d-d 6rt6-1 2f0q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ET106 BMRB: 15848

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein yhhK

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 30	fewest restraints violations and energies, favorable backbone geometry, minimal clashes
代表モデル	モデル #1	no criterion

#1: タンパク質	Uncharacterized protein yhhK 分子量: 14610.599 Da / 分子数: 1 / 変異: A119T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: coli / 遺伝子: yhhK, b3459, JW3424 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37613
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S

#1: タンパク質

Uncharacterized protein yhhK

分子量: 14610.599 Da / 分子数: 1 / 変異: A119T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: coli / 遺伝子: yhhK, b3459, JW3424 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37613

#2: 化合物

ChemComp-COA / COENZYME A / CoA

分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D (H)CCH-COSY
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY
1	11	2	4D 13C HMQC-NOESY-HMQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YhhK, 5 mM Coenzyme A, 7 % D2O, 300 mM sodium chloride, 25 mM TRIS, 5 mM DTT, 93% H2O/7% D2O	93% H2O/7% D2O
2	0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YhhK, 5 mM Coenzyme A, 100 % D2O, 300 mM sodium chloride, 25 mM TRIS, 5 mM DTT, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.6 mM	YhhK	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
5 mM	Coenzyme A		1
7 %	D2O		1
300 mM	sodium chloride		1
25 mM	TRIS		1
5 mM	DTT		1
0.6 mM	YhhK	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
5 mM	Coenzyme A		2
100 %	D2O		2
300 mM	sodium chloride		2
25 mM	TRIS		2
5 mM	DTT		2

試料状態

イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Felix	Accelrys Software Inc.	解析
Felix	Accelrys Software Inc.	chemical shift assignment
Felix	Accelrys Software Inc.	データ解析
Sparky	Goddard	解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	Goddard	データ解析
AutoStructure	Huang, Tejero, Powers and Montelione	構造決定
AutoStructure	Huang, Tejero, Powers and Montelione	精密化
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: no criterion

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: fewest restraints violations and energies, favorable backbone geometry, minimal clashes
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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