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万見
- PDB-2k5p: NMR Solution Structure of a Thiamine Biosynthesis Protein from Ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k5p
タイトルNMR Solution Structure of a Thiamine Biosynthesis Protein from Geobacter Metallireducens: Northeast Structural Genomics Consortium Target GmR137
要素thiamine-biosynthesis protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NESG / GmR137 / Geobacter metallireducens / Thiamine Biosynthesis / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


ThiS, thiamine-biosynthesis / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamin biosynthesis sulfur carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsCASP target
データ登録者Mani, R. / Wang, H. / Jiang, M. / Magliaqui, M. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Gurla, S.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Mani, R. / Wang, H. / Jiang, M. / Magliaqui, M. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Gurla, S.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of a Thiamine Biosynthesis Protein from Geobacter Metallireducens: Northeast Structural Genomics Consortium Target GmR137
著者: Mani, R. / Wang, H. / Jiang, M. / Magliaqui, M. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Gurla, S.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiamine-biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5301
ポリマ－8,5301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 140structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 thiamine-biosynthesis protein / ThiS protein


分子量: 8530.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
生物種: metallireducens / 遺伝子: Gmet_1567 / プラスミド: pET 21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q39VC5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: CASP target
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
131(4,3)D GFT-HNNCABCA
141(4,3)D GFT-CABCA(CO)NHN
151(4,3)D GFT-HABCAB(CO)NHN
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D HNCO
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D-CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C aliph NOESY
11313D 1H-13C arom NOESY
11413D (H)CCH-COSY
21522D 1H-15N HSQC
11612D 1H-15N HSQC
11712D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.06 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GmR137, THiS protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.26 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] GmR137, THiS protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.06 mMGmR137, THiS protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.26 mMGmR137, THiS protein[U-10% 13C; U-99% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
15 mM CaCl2, 100mM NaCl 6.5ambient 293 K
25 mM CaCl2, 100mM NaCl 6.5ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS2.0.6Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was obtained using triple resonance NMR spectroscopy. GFT-NMR experiments were used for backbone resonance assignments and conventional 3D TOCSY and COSY experiments were used ...詳細: The structure was obtained using triple resonance NMR spectroscopy. GFT-NMR experiments were used for backbone resonance assignments and conventional 3D TOCSY and COSY experiments were used to obtain sidechain resonance assignments. Automated NOESY assignments were made using AUTOSTRUCTURE and CYANA-2.1. Dihedral angle constraints were obtained from TALOS. The structure calculation was done excluding 5 HIS from 8-residue C-terminal tag (LEHHHHHH). Completeness of assignments excluding 5-HIS: Backbone - 100%, Sidechain (aliphatic) - 99% Sidechain (aromatic) - 96%. The assignments were validated using AVS software. Final structure quality factros (excluding 5 HIS) determined using PSVS-v1.3: Ordered residues are defiend as: 1-13, 18-29, 32-63. (a) RMSD (ordered residues) all backbone atoms: 0.7A and heavy atoms: 1.2A. (b) Ramachandran statistics for ordered residues: Most favored region: 82.8%, additionally allowed regions: 17.0% generously allowed region: 0.1%, disallowed regions: 0.1%. (c) Procheck scores for ordered residues (RAW/Z-): Phi/psi -0.58/-1.97, all -0.48/-2.84, (d) MolProbity clashscores (RAW/Z-) 17.03/-1.40, (e) RPF scores for the goodness of the fit to NOESY data: Recall - 0.99, Precision - 0.942, F-measure - 0.966 and final dp score - 0.88. (f) Number of close contacts for 20 models: 6, RMS deviation for bond angles - 0.6deg, RMS deviation for bond lengths - 0.009A.
NMR constraintsNOE constraints total: 969 / NOE intraresidue total count: 144 / NOE long range total count: 269 / NOE medium range total count: 207 / NOE sequential total count: 349 / Protein phi angle constraints total count: 41 / Protein psi angle constraints total count: 41
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 140 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å / Torsion angle constraint violation method: PSVS software
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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