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万見
- PDB-2k4x: Solution structure of 30S ribosomal protein S27A from Thermoplasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4x
タイトルSolution structure of 30S ribosomal protein S27A from Thermoplasma acidophilum
要素30S ribosomal protein S27ae
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / 30S ribosomal protein S27A / Metal-binding / Ribonucleoprotein / Zinc-finger / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #180 / Ribosomal protein S27ae / N-terminal domain of TfIIb / Other non-globular / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Special / Zinc-binding ribosomal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS31
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, B. / Yee, A. / Fares, C. / Lemak, A. / Semest, A. / Arrowsmith, C. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of 30S ribosomal protein S27A from Thermoplasma acidophilum/Northeast Structural Genomics Consortium Target TaT88/Ontario Center for Structural Proteomics target ta1093
著者: Wu, B. / Yee, A. / Fares, C. / Lemak, A. / Semest, A. / Arrowsmith, C.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2011
タイトル: A novel strategy for NMR resonance assignment and protein structure determination.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Chitayat, S. / Karra, M. / Fares, C. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2008年6月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S27ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4632
ポリマ－6,3981
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S27ae


分子量: 6397.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 生物種: acidophilum / 遺伝子: rps27ae, Ta1093 / プラスミド: p11 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HJ78
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HN(CO)CA
1513D HNCA
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D HBHA(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11323D 1H-13C NOESY
11413D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 30S ribosomal protein S27A, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM ZnSO4, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 30S ribosomal protein S27A, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM ZnSO4, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM30S ribosomal protein S27A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloride1
10 uMZnSO41
10 mMDTT[U-100% 2H]1
0.01 %sodium azide1
10 mMbenzamidine1
0.5 mM30S ribosomal protein S27A[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS[U-100% 2H]2
300 mMsodium chloride2
10 uMZnSO42
10 mMDTT[U-100% 2H]2
0.01 %sodium azide2
10 mMbenzamidine2
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
Sparky3.95Goddardpeak picking
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionenmr structure quality assessment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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