PDB-2k45: C2A domain of synaptototagmin I solution structure in the FGF-1-C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k45

タイトル

C2A domain of synaptototagmin I solution structure in the FGF-1-C2A binary complex: key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway

要素

Synaptotagmin-1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / beta barrel / Calcium / Cell junction / Cytoplasmic vesicle / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Palmitate / Phosphoprotein / Synapse / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane ...Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / calcium ion sensor activity / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / exocytic vesicle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / protein heterooligomerization / positive regulation of dendrite extension / vesicle docking / regulation of exocytosis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of dopamine secretion / vesicle fusion / dense core granule / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / neurotransmitter secretion / presynaptic active zone / Neurexins and neuroligins / syntaxin-1 binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / excitatory synapse / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / postsynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic cytosol / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / molecular condensate scaffold activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / calcium ion binding / lipid binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Mohan, S.K. / Yu, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: FGF-1-C2A binary complex structure: key component in the acidic fibroblast growth factor release
著者: Sepuru, K.M. / Yu, C.

履歴

登録	2008年5月28日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k45.cif.gz	898.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k45.ent.gz	763 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2k45_validation.pdf.gz	357.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2k45_full_validation.pdf.gz	651.3 KB	表示
XML形式データ	2k45_validation.xml.gz	85.7 KB	表示
CIF形式データ	2k45_validation.cif.gz	114.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/2k45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/2k45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2k43C 2k4aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jh2-3 1anu-d 5kc5-d 1z5f-d 4x86-d 1kp4-d 1wck-d 2fpe-4 3mzt-2 4ca0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (6) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Synaptotagmin-1

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65 / C2A 分子量: 14783.882 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21579

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(CO)CA
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D HNCO
1	9	1	3D 1H-15N TOCSY
1	10	1	3D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: C2A / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 50mM (NH4)2SO4 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AV600	Bruker	AV600	600	1
Bruker AV800	Bruker	AV800	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	1.2	Linge, O'Donoghue, Nilges	構造決定
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
ARIA	1.2	Linge, O'Donoghue, Nilges	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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