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万見
- PDB-2k40: NMR structure of HESX-1 homeodomain double mutant R31L/E42L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k40
タイトルNMR structure of HESX-1 homeodomain double mutant R31L/E42L
要素Homeobox expressed in ES cells 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / THERMOSTABLE HOMEODOMAIN VARIANT / Developmental protein / Disease mutation / DNA-binding / Dwarfism / Homeobox / Nucleus / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


nose development / otic vesicle formation / : / pituitary gland development / : / chromatin => GO:0000785 / forebrain morphogenesis / brain development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding ...nose development / otic vesicle formation / : / pituitary gland development / : / chromatin => GO:0000785 / forebrain morphogenesis / brain development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox expressed in ES cells 1 / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Homeobox expressed in ES cells 1 / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox expressed in ES cells 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsSolution structure of the thermostable double mutant R31L/E42L of human HESX-1 homeodomain
データ登録者Asensio, J. / Torrado, M. / Gonzalez, C. / Bastida, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The role of conserved salt-bridges on homeodomain stability
著者: Asensio, J. / Torrado, M. / Gonzalez, C. / Bastida, A. / Corzana, F.
履歴
登録2008年5月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox expressed in ES cells 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1271
ポリマ－8,1271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Homeobox expressed in ES cells 1 / Homeobox protein ANF / hAnf


分子量: 8127.353 Da / 分子数: 1
断片: DNA binding domain of Human transcription factor Hesx-I (UNP residues 108-174)
変異: R31L, E42L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HESX1, HANF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBX0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: SOLUTION STRUCTURE OF THE THERMOSTABLE DOUBLE MUTANT R31L/E42L OF HUMAN HESX-1 HOMEODOMAIN
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1422D 1H-1H TOCSY
1512D DQF-COSY
1622D DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM HESX-I HOMEODOMAIN, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.600 mM HESX-I HOMEODOMAIN, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.6 mMHESX-I HOMEODOMAIN1
0.600 mMHESX-I HOMEODOMAIN2
試料状態イオン強度: 0.1 NaCl / pH: 6.0 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian UnityVarianUNITY5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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