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万見
- PDB-2k3v: Solution Structure of a Tetrahaem Cytochrome from Shewanella Frig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3v
タイトルSolution Structure of a Tetrahaem Cytochrome from Shewanella Frigidimarina
要素Tetraheme cytochrome c-type
キーワードELECTRON TRANSPORT / Multihaem cytochromes / Redox proteins / Shewanella / Heme / Iron / Metal-binding / Periplasm / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / : / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Tetraheme cytochrome c-type
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella frigidimarina (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Paixao, V.B. / Turner, D.L. / Salgueiro, C.A. / Brennan, L. / Reid, G.A. / Chapman, S.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The solution structure of a tetraheme cytochrome from Shewanella frigidimarina reveals a novel family structural motif
著者: Paixao, V.B. / Salgueiro, C.A. / Brennan, L. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. / Turner, D.L.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetraheme cytochrome c-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8045
ポリマ－9,3301
非ポリマー2,4744
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4060 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area5910 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tetraheme cytochrome c-type / Cytochrome c3 / Sfc


分子量: 9330.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina (バクテリア)
株: NCIMB 400 / 遺伝子: cctA, Sfri_1504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33731
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY
1422D 1H-1H NOESY
1522D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM Sfc, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
23 mM Sfc, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
3 mMSfc1
3 mMSfc2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.1 / 圧: ambient atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XWIN-NMRBruker Biospinデータ解析
XEASYBartels et al.peak picking
SparkyGoddardintegration
SparkyGoddardpeak picking
PARADYANA(INDYANA) Turner et al.構造決定
MOLMOL2Koradi, Billeter and Wuthrichsuperimposition
MOLMOL2Koradi, Billeter and Wuthrichvisual inspection
MOLMOL2Koradi, Billeter and Wuthrichrms and mean structure calculations
WHAT IF20030529-0952Vriendstereochemical analysis
ProcheckNMRLaskowski and MacArthuridentification and classification of the consensus secondary structure
PARADYANA(INDYANA) Turner et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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