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万見
- PDB-2k3b: Seeing the Invisible: Structures of Excited Protein States by Rel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3b
タイトルSeeing the Invisible: Structures of Excited Protein States by Relaxation Dispersion NMR
要素Actin-binding protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CPMG / Abp1p / Ark1p / Invisible State / Acetylation / Actin-binding / Cytoplasm / Cytoskeleton / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch assembly / site of polarized growth / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding ...protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch assembly / site of polarized growth / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding / cell cortex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fungal actin-binding protein 1, second SH3 domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains ...Fungal actin-binding protein 1, second SH3 domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Vallurupalli, P. / Hansen, F.D. / Kay, L.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structures of invisible, excited protein states by relaxation dispersion NMR spectroscopy
著者: Vallurupalli, P. / Hansen, D.F. / Kay, L.E.
履歴
登録2008年4月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9931
ポリマ－6,9931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 960structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Actin-binding protein


分子量: 6993.485 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ABP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15891

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N CT-CW,TROSY,anti-TROSY CPMG
12215N CT-CW,TROSY,anti-TROSY CPMG
13313CO CT-inphase,TROSY,anti-TROSY CPMG
14413CA CT-CW,TROSY,anti-TROSY CPMG

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1~1.5 mM [90 % U 2H; ~100% U 15N] Abp1p, ~0.105 mM [90% U 2H; ~100% U 15N] Ark1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2~1.5 mM [90 % U 2H; ~100% U 15N] Abp1p, ~0.105 mM Ark1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3~1.5 mM [90 % U 2H; ~100% U 15N; 13CO labeled] Abp1p, ~0.105 mM Ark1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4~1.5 mM [90 % U 2H; ~100% U 15N; 13Ca labeled] Abp1p, ~0.105 mM Ark1p, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMAbp1p[90 % U 2H; ~100% U 15N]1
0.105 mMArk1p[90% U 2H; ~100% U 15N]1
1.5 mMAbp1p[90 % U 2H; ~100% U 15N]2
0.105 mMArk1p2
1.5 mMAbp1p[90 % U 2H; ~100% U 15N; 13CO labeled]3
0.105 mMArk1p3
1.5 mMAbp1p[90 % U 2H; ~100% U 15N; 13Ca labeled]4
0.105 mMArk1p4
試料状態イオン強度: ~0.150 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 960 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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