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万見
- PDB-2k37: CsmA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k37
タイトルCsmA
要素Chlorosome Protein A
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PROTEIN / Bacteriochlorophyll / Chlorophyll / Chlorosome / Chromophore / Electron transport / Magnesium / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


chlorosome envelope / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
bacteriochlorophyll c-binding protein / Bacteriochlorophyll c-binding protein / Bacteriochlorophyll c-binding superfamily / Bacteriochlorophyll C binding protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacteriochlorophyll c-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsSolution NMR structure of CsmA purified from 15-N labeled Chlorobium tepidum cells
データ登録者Pedersen, M. / Dittmer, J. / Underhaug, J. / Miller, M. / Nielsen, N.C.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2008
タイトル: The three-dimensional structure of CsmA: A small antenna protein from the green sulfur bacterium Chlorobium tepidum.
著者: Pedersen, M.O. / Underhaug, J. / Dittmer, J. / Miller, M. / Nielsen, N.C.
履歴
登録2008年4月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorosome Protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1601
ポリマ－6,1601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chlorosome Protein A / BACTERIOCHLOROPHYLL C-BINDING PROTEIN / BChl c-binding


分子量: 6160.034 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-59 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorobium tepidum (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A314

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution NMR structure of CsmA purified from 15-N labeled Chlorobium tepidum cells
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H COSY
1412D 1H-1H NOESY
1513D HNHA
1613D NOESY-HSQC
1713D TOCSY-HSQC

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試料調製

詳細内容: 1.4 mM [U-100% 15N] CsmA, 50% chloroform/50% methanol
溶媒系: 50% chloroform/50% methanol
試料濃度: 1.4 mM / 構成要素: CsmA / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddard解析
TopSpinBrukercollection
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS
NMR constraintsNOE constraints total: 1426 / NOE intraresidue total count: 490 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 526 / NOE sequential total count: 338
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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