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万見
- PDB-2k36: Structure ensemble Backbone and side-chain 1H, 13C, and 15N Chemi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k36
タイトルStructure ensemble Backbone and side-chain 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments, 1H-15N RDCs and 1H-1H nOe restraints for protein K7 from the Vaccinia virus
要素Protein K7
キーワードVIRAL PROTEIN / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus, Protein K7 / dsDNA poxvirus / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / Apoptosis Regulator Bcl-x / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing
データ登録者Kalverda, A.P. / Thompson, G.S. / Vogel, A. / Schr der, M. / Bowie, A.G. / Khan, A.R. / Homans, S.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Poxvirus K7 protein adopts a Bcl-2 fold: biochemical mapping of its interactions with human DEAD box RNA helicase DDX3.
著者: Kalverda, A.P. / Thompson, G.S. / Vogel, A. / Schroder, M. / Bowie, A.G. / Khan, A.R. / Homans, S.W.
履歴
登録2008年4月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein K7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4891
ポリマ－17,4891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 500structures with the lowest energy (tangled structures excluded)
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein K7


分子量: 17488.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: WR Western Reserve / WR
解説: the pET15 vector was modified to replace the thrombin cleavage site with an rTEV cleavage site
遺伝子: K7R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68466

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNHA
1823D 1H-15N NOESY
1913D CBCA(CO)NH
11012D 1H-13C constant time aromatic selected HSQC
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D (H)CCH-TOCSY
11312D HB(CBCGCD)HD
11412D HB(CBCGCDCE)HE
11513D 1H-13C NOESY
11622D j MODULATED 1H-15N HSQC
11712D 1H-(13C)-1H aromatic optimised 13C filtered (HSQC) NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of TALOS dihedral, 1H-1H nOe and residual dipolar coupling restraints

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-13C; U-15N] K7D8, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-15N] K7D8, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM [U-15N] K7D8, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.1 mM DSS, 12 mg/ml Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMK7D8[U-13C; U-15N]1
10 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
0.1 mMDSS1
0.8 mMK7D8[U-15N]2
10 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
0.1 mMDSS2
0.8 mMK7D8[U-15N]3
10 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
10 mMDTT3
0.1 mMDSS3
12 mg/mLPf1 phage3
試料状態イオン強度: 122.5 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cVariancollection
NMRPipe2.5 Rev 2006.184.15.37Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ccpn_analysis1.0.9-1.0.15CCPNデータ解析
ccpn_analysis1.0.9-1.0.15CCPN構造決定
X-PLOR NIH2.17Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRView5.22Johnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: PASD/MARVIN with TALOS restraints with p>= 0.9 carried over to Aria 2.1 refinement calculation, Aria 2.1 with TALOS nOe and RDC (VEAN/SANI) restraints All cooling steps exended by a factor of 4 from defaults
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy (tangled structures excluded)
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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