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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2k2y | ||||||
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タイトル | Solution structure of the folded domain of intermediate IIIa of Tick Carboxypeptidase Inhibitor | ||||||
![]() | Carboxypeptidase inhibitor | ||||||
![]() | HYDROLASE INHIBITOR / IIIA / Blood coagulation / Fibrinolysis / Metalloenzyme inhibitor / Metalloprotease inhibitor / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() acquisition of nutrients from host / metalloendopeptidase inhibitor activity / enzyme inhibitor activity / blood coagulation / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Pantoja-Uceda, D. / Blanco, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The NMR structures of the major intermediates of the two-domain tick carboxypeptidase inhibitor reveal symmetry in its folding and unfolding pathways. 著者: Arolas, J.L. / Pantoja-Uceda, D. / Ventura, S. / Blanco, F.J. / Aviles, F.X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 175 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 550.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4060.591 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-61 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.00 mM IIIA, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 1.00 mM / 構成要素: IIIA |
試料状態 | pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: standard CYANA protocol of NOE assignment and structure calculation. The 20 conformers with the lowest final CYANA target function values were subject to restrained energy-minimization in ...詳細: standard CYANA protocol of NOE assignment and structure calculation. The 20 conformers with the lowest final CYANA target function values were subject to restrained energy-minimization in explicit water using AMBER 9.0 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |