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万見
- PDB-2k2b: Sparse-constraint solution NMR structure of micelle-solublized cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2b
タイトルSparse-constraint solution NMR structure of micelle-solublized cytosolic amino terminal domain of C. elegans mechanosensory ion channel subunit MEC-4. New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
要素Degenerin mec-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane associated / minimal constraint / detergent solubilized / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Neurodegeneration / Sodium / Sodium channel / Sodium transport / Transmembrane / Transport / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of turning behavior involved in mating / positive regulation of detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / positive regulation of mechanosensory behavior / Sensory perception of salty taste / Stimuli-sensing channels / neuron projection membrane / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / ligand-gated sodium channel activity / mechanosensory behavior / sodium ion transmembrane transport ...negative regulation of turning behavior involved in mating / positive regulation of detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / positive regulation of mechanosensory behavior / Sensory perception of salty taste / Stimuli-sensing channels / neuron projection membrane / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / ligand-gated sodium channel activity / mechanosensory behavior / sodium ion transmembrane transport / response to mechanical stimulus / potassium ion transport / axon / membrane
類似検索 - 分子機能
Degenerin / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Everett, J.K. / Liu, G. / Driscoll, M.A. / Montelione, G.T. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Sparse-constraint solution NMR structure of micelle-solublized cytosolic amino terminal domain of C. elegans mechanosensory ion channel subunit MEC-4.
著者: Everett, J.K. / Liu, G. / Driscoll, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Degenerin mec-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2971
ポリマ－13,2971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Degenerin mec-4 / Mechanosensory abnormality protein 4


分子量: 13296.793 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytosolic domain: Residues 1-103 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
株: Bristol N2 / 遺伝子: mec-4, mec-13, T01C8.7 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24612

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HCACO
1612D 1H-1H NOESY
1713D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 100% 2H; ILV methyl 1H; FY ring 1H] MEC4, 25 mM sodium phosphate, 5 mM Zwittergent 3-12, 25 mM sodium chloride, 5 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMMEC4[U-100% 13C; U-100% 15N; 100% 2H; ILV methyl 1H; FY ring 1H]1
25 mMsodium phosphate1
5 mMZwittergent 3-121
25 mMsodium chloride1
5 mMTCEP1
試料状態イオン強度: 0.025 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
Sparky3.11Goddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: explicit water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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