[日本語] English
- PDB-2k27: Solution structure of Human Pax8 Paired Box Domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k27
タイトルSolution structure of Human Pax8 Paired Box Domain
要素Paired box protein Pax-8
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Paired Domain / Pax8 / solution structure / triple frequency / 3D NMR / induced fit / Alternative splicing / Developmental protein / Differentiation / Disease mutation / DNA-binding / Nucleus / Paired box / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


pronephric field specification / metanephric comma-shaped body morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephric nephron morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in metanephric collecting duct development / negative regulation of apoptotic process involved in metanephric nephron tubule development / positive regulation of metanephric DCT cell differentiation / regulation of thyroid-stimulating hormone secretion / metanephric nephron tubule formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / pronephros development ...pronephric field specification / metanephric comma-shaped body morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephric nephron morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in metanephric collecting duct development / negative regulation of apoptotic process involved in metanephric nephron tubule development / positive regulation of metanephric DCT cell differentiation / regulation of thyroid-stimulating hormone secretion / metanephric nephron tubule formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / pronephros development / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / thyroid-stimulating hormone receptor activity / positive regulation of thyroid hormone generation / metanephric distal convoluted tubule development / metanephric epithelium development / otic vesicle development / Formation of intermediate mesoderm / urogenital system development / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cellular response to gonadotropin stimulus / metanephric S-shaped body morphogenesis / mesonephros development / sensory organ development / Formation of the nephric duct / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / ventricular septum development / inner ear morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / thyroid gland development / anatomical structure morphogenesis / central nervous system development / kidney development / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Paired-box protein 2 C-terminal / Paired-box protein 2 C terminal / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Paired-box protein 2 C-terminal / Paired-box protein 2 C terminal / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired box protein Pax-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular mechanics
Model detailsPax8 Paired Box Domain unveiled by means of 3D NMR techniques.
データ登録者Codutti, L. / Esposito, G. / Corazza, A. / Fogolari, F. / Tell, G. / Vascotto, C. / van Ingen, H. / Boelens, R. / Viglino, P. / Quadrifoglio, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2008
タイトル: The Solution Structure of DNA-free Pax-8 Paired Box Domain Accounts for Redox Regulation of Transcriptional Activity in the Pax Protein Family.
著者: Codutti, L. / van Ingen, H. / Vascotto, C. / Fogolari, F. / Corazza, A. / Tell, G. / Quadrifoglio, F. / Viglino, P. / Boelens, R. / Esposito, G.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Paired box protein Pax-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4481
ポリマ-17,4481
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Paired box protein Pax-8


分子量: 17447.936 Da / 分子数: 1 / 断片: Pax8 Paired Box Domain (UNP residues 1-143) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAX8 / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q06710

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Pax8 Paired Box Domain unveiled by means of 3D NMR techniques.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC CT
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HN(CO)CA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11213D CBCANH
11313D HN(COCA)CB

-
試料調製

詳細内容: 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Pax8 Paired Box Domain, 40 uM DSS, 50 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 15 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMPax8 Paired Box Domain[U-100% 13C; U-100% 15N]1
40 uMDSS1
50 mMsodium phosphate1
0.1 %sodium azide1
15 mMDTT[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.2 / : ambient / 温度: 298.00 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker Avance 2BrukerAvance 27502

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOS(NMR-Pipe 3.5)Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ProcheckNMR3.4Laskowski and MacArthur構造検証
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
CARA1.8.4Rochus Kellerchemical shift assignment
CARA1.8.4Rochus Kellerデータ解析
CARA1.8.4Rochus Kellerpeak picking
Discover2.98Accelrys Software Inc.精密化
AQUA3.2Rullmann, Doreleijers and Kaptein構造検証
WHAT IFVriend構造検証
精密化手法: molecular mechanics / ソフトェア番号: 1
詳細: Minimization was performed by means of Discover, with 200 iterations using the steep descent and 800 iterations using the conjugate gradients algorithms. c-terminal superposition is performed ...詳細: Minimization was performed by means of Discover, with 200 iterations using the steep descent and 800 iterations using the conjugate gradients algorithms. c-terminal superposition is performed between residues 87-135 and the n-terminal superposition can be performed between 29-62.
NMR constraintsNOE constraints total: 1794 / NOE intraresidue total count: 946 / NOE long range total count: 75 / NOE medium range total count: 185 / NOE sequential total count: 588 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 61 / Protein psi angle constraints total count: 62
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: -0.57 Å / Maximum upper distance constraint violation: 2.82 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る