PDB-2k22: Automated NMR Structure of the TA0895 by FAPSY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k22

タイトル

Automated NMR Structure of the TA0895 by FAPSY

要素

Putative uncharacterized protein Ta0895

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / AUTOMATION / FAPSY / MOAD / MOLYBDOPTERIN

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / MoaD, archaeal-type / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Lee, W. / Jung, J. / Lee, W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Automated NMR Structure of the TA0895 by FAPSY
著者: Lee, W. / Jung, J. / Lee, W.

履歴

登録	2008年3月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k22.cif.gz	592 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k22.ent.gz	504.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/2k22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/2k22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2k24
類似構造データ	2ce1-d 1id2-3 4b0e-3 2km6-d 1i7h-3 3ra6-d 3rl7-4 5oh9-1 2m10-d 3n4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein Ta0895

10.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein Ta0895 分子量: 10231.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: TA0895 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HJR9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HBHA(CO)NH
1	6	1	3D 1H-13C NOESY
1	7	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	3D HNHA
1	10	1	3D H(CCO)NH
1	11	1	3D C(CO)NH

-
試料調製

詳細	内容: 1.5mM [U-95% 13C; U-95% 15N] TA0895; 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.5 mM / 構成要素: TA0895 / Isotopic labeling: [U-95% 13C; U-95% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.025 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

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解析

NMR software	名称: CYANA / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: AUTOMATED NMR STRUCTURES BY FAPSY WHICH IS AUTOMATED PROTEIN STRUCTURE DETERMINATION PROGRAM
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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