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- PDB-2k20: Solution structure of Par-3 PDZ3 in complex with PTEN peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k20
タイトルSolution structure of Par-3 PDZ3 in complex with PTEN peptide
要素
  • Partitioning-defective 3 homolog
  • Protein tyrosine phosphatase and tensin homolog
キーワードSIGNALING PROTEIN / Par-3 / PTEN / PDZ domain / Scaffold protein / Cell polarity / Alternative splicing / Cell cycle / Cell division / Cell junction / Coiled coil / Membrane / Phosphoprotein / Tight junction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular component size / regulation of macrophage apoptotic process / Tight junction interactions / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / regulation of actin filament-based process / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity ...regulation of cellular component size / regulation of macrophage apoptotic process / Tight junction interactions / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / regulation of actin filament-based process / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of dendrite extension / central nervous system myelin maintenance / internode region of axon / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of cellular localization / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of defense response to bacterium / central nervous system neuron axonogenesis / PAR polarity complex / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic density assembly / apical constriction / neuron-neuron synaptic transmission / inositol phosphate catabolic process / presynaptic membrane assembly / cellular response to decreased oxygen levels / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / synapse maturation / negative regulation of axon regeneration / cellular response to electrical stimulus / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / establishment of centrosome localization / negative regulation of myelination / negative regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of axonogenesis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / myelin sheath adaxonal region / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / establishment of epithelial cell polarity / lateral loop / positive regulation of myelination / negative regulation of organ growth / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / forebrain morphogenesis / regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of focal adhesion assembly / regulation of axon regeneration / phosphatidylinositol dephosphorylation / anaphase-promoting complex binding / bicellular tight junction assembly / Schmidt-Lanterman incisure / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / prostate gland growth / myelination in peripheral nervous system / cellular response to leptin stimulus / dentate gyrus development / spindle assembly involved in female meiosis / maternal behavior / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cell size / dendritic spine morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / response to arsenic-containing substance / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / platelet-derived growth factor receptor binding / brain morphogenesis / cellular response to ethanol / protein targeting to membrane / cardiac muscle tissue development / long-term synaptic depression / negative regulation of phagocytosis / wound healing, spreading of cells / apical junction complex / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / centrosome localization / regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic cytosol / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine phosphatase activity / male mating behavior / establishment of cell polarity / response to ATP / response to zinc ion / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / adult behavior / ubiquitin-specific protease binding / regulation of neuron projection development / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / B cell proliferation / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of receptor internalization
類似検索 - 分子機能
Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / PTEN, phosphatase domain / Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / : / Inositol hexakisphosphate / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein ...Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / PTEN, phosphatase domain / Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / : / Inositol hexakisphosphate / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / PDZ domain / Pdz3 Domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN / Partitioning defective 3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Wu, H. / Chan, L. / Zhang, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of Par-3 PDZ3 in complex with PTEN peptide
著者: Feng, W. / Wu, H. / Chan, L. / Zhang, M.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Partitioning-defective 3 homolog
B: Protein tyrosine phosphatase and tensin homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4442
ポリマ－12,4442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Partitioning-defective 3 homolog / PARD-3 / PAR-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific- ...PARD-3 / PAR-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific-binding protein / ASBP


分子量: 11142.648 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ 3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pard3, Par3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z340
#2: タンパク質・ペプチド Protein tyrosine phosphatase and tensin homolog / Protein tyrosine phosphatase and tensin-like protein


分子量: 1301.359 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 393-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pten, PTEN/MMAC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54857

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1333D HN(CA)CB
1433D CBCA(CO)NH
1533D HNCO
1643D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Par-3 PDZ3/PTEN peptide, 100% D2O100% D2O
21 mM [U-100% 15N] Par-3 PDZ3/PTEN peptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Par-3 PDZ3/PTEN peptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Par-3 PDZ3/PTEN peptide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPar-3 PDZ3/PTEN peptide1
1 mMPar-3 PDZ3/PTEN peptide[U-100% 15N]2
1 mMPar-3 PDZ3/PTEN peptide[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMPar-3 PDZ3/PTEN peptide[U-100% 13C; U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6 / 圧: ambient atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
PIPPGarrettデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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