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- PDB-2k1h: Solution NMR structure of SeR13 from Staphylococcus epidermidis. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1h
タイトルSolution NMR structure of SeR13 from Staphylococcus epidermidis. Northeast Structural Genomics Consortium target SeR13
要素Uncharacterized protein SeR13
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Scaffold protein Nfu/NifU, N-terminal domain / Scaffold protein Nfu/NifU, N-terminal / Scaffold protein Nfu/NifU, N-terminal domain superfamily / Scaffold protein Nfu/NifU N terminal / Scaffold protein Nfu/NifU N terminal / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsThe oligomeric states of the SeR13 were verified by pulsed-field-gradient diffusion, dynamic light ...The oligomeric states of the SeR13 were verified by pulsed-field-gradient diffusion, dynamic light scattering, sedimentation equilibrium, and concentration dependent studies. The results indicated that the SeR13 self-associates weakly at protein concentration below 1 mM. Using the residual dipolar couplings as well as chemical shift perturbations on dilution, we constructed dimeric models for SeR13. Possible inter-subunit NOEs were identified based on these models. In cases where corresponding NOEs were observed, they were eliminated as constraints and the protein structure recalculated. The absence of structural variation and the failure to observed other predicted inter-subunit NOEs validated use of all NOEs as intra-subunit constraints.
データ登録者Lee, H. / Wylie, G. / Bansal, S. / Wang, X. / Shastry, R. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. ...Lee, H. / Wylie, G. / Bansal, S. / Wang, X. / Shastry, R. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of SeR13.
著者: Lee, H. / Wylie, G. / Bansal, S. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein SeR13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9631
ポリマ－10,9631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein SeR13


分子量: 10963.061 Da / 分子数: 1 / 変異: S28F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE_1124 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8CSK1, UniProt: A0A0H2VGF1*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The oligomeric states of the SeR13 were verified by pulsed-field-gradient diffusion, dynamic light scattering, sedimentation equilibrium, and concentration dependent studies. The results ...詳細: The oligomeric states of the SeR13 were verified by pulsed-field-gradient diffusion, dynamic light scattering, sedimentation equilibrium, and concentration dependent studies. The results indicated that the SeR13 self-associates weakly at protein concentration below 1 mM. Using the residual dipolar couplings as well as chemical shift perturbations on dilution, we constructed dimeric models for SeR13. Possible inter-subunit NOEs were identified based on these models. In cases where corresponding NOEs were observed, they were eliminated as constraints and the protein structure recalculated. The absence of structural variation and the failure to observed other predicted inter-subunit NOEs validated use of all NOEs as intra-subunit constraints.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-15N TOCSY
11113D 1H-13C NOESY
11222D 1H-15N HSQC-TROSY
11332D 1H-15N HSQC-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SeR13, 0.2 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.86 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SeR13, 0.2 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 7 % Negative Charged Poly Acrylamide Compressed Gel, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.60 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SeR13, 0.2 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 7.5 % DMPS/DHPC Mixture, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.07 mMSeR13[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.2 %sodium azide1
100 mMDTT1
5 mMCaCl21
100 mMsodium chloride1
20 mMMES1
0.86 mMSeR13[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.2 %sodium azide2
100 mMDTT2
5 mMCaCl22
100 mMsodium chloride2
20 mMMES2
7 %Negative Charged Poly Acrylamide Compressed Gel2
0.60 mMSeR13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.2 %sodium azide3
100 mMDTT3
5 mMCaCl23
100 mMsodium chloride3
20 mMMES3
7.5 %DMPS/DHPC Mixture3
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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