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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2k0p | ||||||
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タイトル | Determination of a Protein Structure in the Solid State from NMR Chemical Shifts | ||||||
![]() | Immunoglobulin G-binding protein G | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / solid-state / chemical shift restraints / GB1 / Cell wall / IgG-binding protein / Peptidoglycan-anchor / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 個体NMR / MD, MC hybrid refinment against Target Fuction weighted by chemical shift accuracy, a molecular mechanics force field | ||||||
![]() | Robustelli, P. / Cavalli, A. / Salvatella, X. / Vendruscolo, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Determination of protein structures in the solid state from NMR chemical shifts. 著者: Robustelli, P. / Cavalli, A. / Vendruscolo, M. #1: ![]() タイトル: Solid-state protein-structure determination with proton-detected triple-resonance 3D magic-angle-spinning NMR spectroscopy. 著者: Zhou, D.H. / Shea, J.J. / Nieuwkoop, A.J. / Franks, W.T. / Wylie, B.J. / Mullen, C. / Sandoz, D. / Rienstra, C.M. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: Proton-detected solid-state NMR spectroscopy of fully protonated proteins at 40 kHz magic-angle spinning. 著者: Zhou, D.H. / Shah, G. / Cormos, M. / Mullen, C. / Sandoz, D. / Rienstra, C.M. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Protein structure determination from NMR chemical shifts. 著者: Cavalli, A. / Salvatella, X. / Dobson, C.M. / Vendruscolo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 244 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 243.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 6228.809 Da / 分子数: 1 / 断片: GB1 / 変異: T2Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: spg / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 個体NMR Method details: Solid-state structure of Beta-1 Immunoglobulin binding domain of protein G (GB1) solved from Ha, Ca, Cb, and N backbone chemical shifts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: For Experimental Data See BMRB Entry 15156 |
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試料調製
詳細 | 内容: 10 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1, 0.5 v/v Methyl Pentane diol, 0.25 v/v Isopropanol 溶媒系: 0.5 v/v Methyl Pentane diol/0.25 v/v Isopropanol | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: MD, MC hybrid refinment against Target Fuction weighted by chemical shift accuracy, a molecular mechanics force field ソフトェア番号: 1 詳細: Structure Selection and Refinement were performed according to CHESHIRE protocol for calculation of structures from NMR Chemical Shifts (Cavalli et al., 2007, PNAS, 104, 9615-9620) | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1500 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |