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万見
- PDB-2k0p: Determination of a Protein Structure in the Solid State from NMR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0p
タイトルDetermination of a Protein Structure in the Solid State from NMR Chemical Shifts
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードPROTEIN BINDING / solid-state / chemical shift restraints / GB1 / Cell wall / IgG-binding protein / Peptidoglycan-anchor / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
手法個体NMR / MD, MC hybrid refinment against Target Fuction weighted by chemical shift accuracy, a molecular mechanics force field
データ登録者Robustelli, P. / Cavalli, A. / Salvatella, X. / Vendruscolo, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Determination of protein structures in the solid state from NMR chemical shifts.
著者: Robustelli, P. / Cavalli, A. / Vendruscolo, M.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007
タイトル: Solid-state protein-structure determination with proton-detected triple-resonance 3D magic-angle-spinning NMR spectroscopy.
著者: Zhou, D.H. / Shea, J.J. / Nieuwkoop, A.J. / Franks, W.T. / Wylie, B.J. / Mullen, C. / Sandoz, D. / Rienstra, C.M.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Proton-detected solid-state NMR spectroscopy of fully protonated proteins at 40 kHz magic-angle spinning.
著者: Zhou, D.H. / Shah, G. / Cormos, M. / Mullen, C. / Sandoz, D. / Rienstra, C.M.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Protein structure determination from NMR chemical shifts.
著者: Cavalli, A. / Salvatella, X. / Dobson, C.M. / Vendruscolo, M.
履歴
登録2008年2月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2291
ポリマ－6,2291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1500target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6228.809 Da / 分子数: 1 / 断片: GB1 / 変異: T2Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06654

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
Method details: Solid-state structure of Beta-1 Immunoglobulin binding domain of protein G (GB1) solved from Ha, Ca, Cb, and N backbone chemical shifts.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D CC DARR mixing
1212D N(CA)CX
1312D N(CO)CX
1413D NCACX
1513D NCOCX
1613D CAN(COCX)
1712D CC SPC5 DQ mixing
NMR実験の詳細Text: For Experimental Data See BMRB Entry 15156

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試料調製

詳細内容: 10 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1, 0.5 v/v Methyl Pentane diol, 0.25 v/v Isopropanol
溶媒系: 0.5 v/v Methyl Pentane diol/0.25 v/v Isopropanol
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mg/mLGB1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 v/vMethyl Pentane diol1
0.25 v/vIsopropanol1
試料状態圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Infinity PlusVarianInfinity Plus5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ALMOST1.0.0Cavalli, A. et al.構造決定
ALMOST1.0.0Cavalli, A. et al.精密化
精密化手法: MD, MC hybrid refinment against Target Fuction weighted by chemical shift accuracy, a molecular mechanics force field
ソフトェア番号: 1
詳細: Structure Selection and Refinement were performed according to CHESHIRE protocol for calculation of structures from NMR Chemical Shifts (Cavalli et al., 2007, PNAS, 104, 9615-9620)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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