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万見
- PDB-2k0g: Solution Structure of a Bacterial Cyclic Nucleotide-Activated K+ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0g
タイトルSolution Structure of a Bacterial Cyclic Nucleotide-Activated K+ Channel Binding Domain in Complex with cAMP
要素Mll3241 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / helical bundle beta barrel core / Phosphate Binding Cassette with cAMP bound / Cyclic Nucleotide Binding Domain / Solution Structure
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium loti (根粒菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Schunke, S. / Stoldt, M. / Willbold, D.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the Mesorhizobium loti K1 channel cyclic nucleotide-binding domain in complex with cAMP.
著者: Schunke, S. / Stoldt, M. / Novak, K. / Kaupp, U.B. / Willbold, D.
履歴
登録2008年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mll3241 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3122
ポリマ－14,9831
非ポリマー3291
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 10015 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy and fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Mll3241 protein


分子量: 14983.222 Da / 分子数: 1 / 断片: Cyclic Nucleotide Binding Domain, residues 216-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium loti (根粒菌) / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q98GN8
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1323D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MlCNBD Protein, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MlCNBD Protein, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE, 100 % D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMlCNBD Protein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMMlCNBD Protein-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.5 mMADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 100 mM KCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: VARIAN Unity INOVA with cryogenic triple resonance probe
製造業者: Varian
モデル: Unity INOVA with cryogenic triple resonance probe
磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ1.1dVarian解析
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
ATNOS/CANDID1.1Herrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
ATNOS/CANDID1.1Herrmann, Guntert and Wuthrich精密化
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The NMR structure ensemble is based on total of 2388 NOE-derived distance constraints.
NMR constraintsNOE constraints total: 2388 / NOE intraresidue total count: 441 / NOE long range total count: 820 / NOE medium range total count: 477 / NOE sequential total count: 624
代表構造選択基準: lowest energy and fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 15 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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