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万見
- PDB-2jzm: Chymotrypsin inhibitor C1 from Nicotiana alata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jzm
タイトルChymotrypsin inhibitor C1 from Nicotiana alata
要素Proteinase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / protein / proteinase inhibitor / chymotrypsin inhibitor / plant / insecticidal
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I20 / : / Potato type II proteinase inhibitor family / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteinase inhibitor / Proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana alata (ヤバネタバコ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsrefined structure
データ登録者Schirra, H.J. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
引用
ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2008
タイトル: Structural refinement of insecticidal plant proteinase inhibitors from Nicotiana alata.
著者: Schirra, H.J. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The three-dimensional solution structure by 1H NMR of a 6-kDa proteinase inhibitor isolated from the stigma of Nicotiana alata.
著者: Nielsen, K.J. / Heath, R.L. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
履歴
登録2008年1月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_sample_details ...citation / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_nmr_sample_details.contents
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7461
ポリマ－5,7461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Proteinase inhibitor


分子量: 5746.476 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-53 (UNP residues 54-106) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana alata (ヤバネタバコ) / 参照: UniProt: Q9SQ77, UniProt: Q40378*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: refined structure
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY
1422D 1H-1H E.COSY
1522D 1H-1H NOESY
1622D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM C1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2100% D2O100% D2O
試料濃度: 1.2 mM / 構成要素: C1
試料状態イオン強度: 0 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMRBruker Biospincollection
UXNMRBruker Biospin解析
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read構造決定
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: MEthod followed the protocol of Linge et al., Proteins 50, 496 (2003) with the modifications in Nederveen et al., Proteins 59, 662 (2005), as above
NMR constraintsNOE constraints total: 538 / NOE intraresidue total count: 291 / NOE long range total count: 55 / NOE medium range total count: 22 / NOE sequential total count: 120 / Protein chi angle constraints total count: 18 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 26 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Torsion angle constraint violation method: cns_solve
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.013 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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