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万見
- PDB-2jy5: NMR structure of Ubiquilin 1 UBA domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jy5
タイトルNMR structure of Ubiquilin 1 UBA domain
要素Ubiquilin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / UBA / Ubiquilin / Alternative splicing / Cytoplasm / Nucleus / Phosphoprotein / Proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of ERAD pathway / aggrephagy / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / aggresome / regulation of protein ubiquitination / autophagosome maturation / autophagosome assembly ...negative regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of ERAD pathway / aggrephagy / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / aggresome / regulation of protein ubiquitination / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of macroautophagy / ERAD pathway / response to endoplasmic reticulum stress / proteasome complex / positive regulation of protein ubiquitination / macroautophagy / kinase binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cellular response to hypoxia / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...: / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Zhang, D. / Raasi, S. / Fushman, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Affinity makes the difference: nonselective interaction of the UBA domain of Ubiquilin-1 with monomeric ubiquitin and polyubiquitin chains
著者: Zhang, D. / Raasi, S. / Fushman, D.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6341
ポリマ－5,6341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquilin-1 / Protein linking IAP with cytoskeleton 1 / PLIC-1 / hPLIC- 1


分子量: 5634.231 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: pGEX-4T1 / 遺伝子: UBQLN1, DA41, PLIC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UMX0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1423D 15N-SEPARATED TOCSY
1522D 1H-15N IPAP HSQC
162HMQC-J
17215N R1 AND R2
18215N{1H} NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM sodium phosphate, 0.05 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
220 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate1
0.05 %sodium azide1
20 mMsodium phosphate2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM 6.8 ambient 296 K
220 mM 6.8 ambient 306 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesgeometry optimization
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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