[日本語] English
万見
- PDB-2jxp: Solution NMR structure of uncharacterized lipoprotein B from Nitr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jxp
タイトルSolution NMR structure of uncharacterized lipoprotein B from Nitrosomonas europaea. Northeast Structural Genomics target NeR45A
要素Putative lipoprotein B
キーワードLIPOPROTEIN / Uncharacterized Lipoprotein B / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rossi, P. / Wang, D. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of uncharacterized lipoprotein B from Nitrosomonas europaea.
著者: Rossi, P. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2007年11月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6141
ポリマ－17,6141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Putative lipoprotein B


分子量: 17614.246 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 20-165 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: rlpB, NE1138 / プラスミド: NeR45A-21.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q82VF2

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HBHA(CO)NH
1813D SIMULTANEOUS 15N-13C NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11013D (H)CCH-COSY
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D CCH-TOCSY
11332D 1H-13C HSQC
11413D HNCO
11513D HN(CA)CO
NMR実験の詳細Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION ...Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA2.1. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (EXCLUDING C-TERM TAG): BACKBONE 98.9%, SIDECHAIN 86.6%, AROMATIC (SC) 78.4%, VL METHYL STEREOSPECIFIC 100%, UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 2279 NOE. MAX NOE VIOLATION 0.46 A (1 MODEL). 22 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES - ALPHA HELICES: (26-38, 114-117, 120-143), BETA STRANDS: (42-44, 16-20, 52-65, 76-89, 100-108, 94-96, 68-69, 73-74) FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8. RMSD 0.7 BB, 1.3 ALL HEAVY ATOMS. RAMA. DISTRIBUTION: 90.4/9.5/0.1/0.0. PROCHECK (PSI-PHI): -0.34/-1.02 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.35/-2.07 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 20.44/-1.98 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.868, PRECISION: 0.871, F-MEASURE: 0.869, DP-SCORE: 0.706.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM lipoprotein B, 20 mM MES, 5 mM calcium chloride, 100 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.86 mM lipoprotein B, 20 mM MES, 5 mM calcium chloride, 100 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
31.3 mM lipoprotein B, 20 mM MES, 5 mM calcium chloride, 100 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMlipoprotein B1
20 mMMES1
5 mMcalcium chloride1
100 mMDTT1
100 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
0.86 mMlipoprotein B2
20 mMMES2
5 mMcalcium chloride2
100 mMDTT2
100 mMsodium chloride2
0.02 %sodium azide2
1.3 mMlipoprotein B3
20 mMMES3
5 mMcalcium chloride3
100 mMDTT3
100 mMsodium chloride3
0.02 %sodium azide3
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoAssign2.4Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionebackbone chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
Sparky3.112Goddardデータ解析
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
MOLMOL2.2Koradi, Billeter and Wuthrichvisualization
RPF2.1.1Huang, Powers and Montelione構造検証
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss et al.構造検証
MolProbityRichardson構造検証
XEASYBartels et al.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る