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万見
- PDB-2jx4: NMR structure of the intracellular loop (i3) of the vasopressin V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jx4
タイトルNMR structure of the intracellular loop (i3) of the vasopressin V2 receptor (GPCR)
要素Vasopressin V2 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / protein / G-protein coupled receptor / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Phosphorylation / Receptor / Transducer / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Vasopressin-like receptors / type II interferon production / negative regulation of renal sodium excretion / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / negative regulation of urine volume / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis ...Vasopressin-like receptors / type II interferon production / negative regulation of renal sodium excretion / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / negative regulation of urine volume / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of blood pressure / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / plasma membrane => GO:0005886 / peptide hormone binding / endocytic vesicle / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vasoconstriction / response to cytokine / G protein-coupled receptor activity / peptide binding / membrane => GO:0016020 / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #460 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bellot, G. / Demene, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the third intracellular loop of the vasopressin V2 receptor and conformational changes upon binding to gC1qR
著者: Bellot, G. / Granier, S. / Bourguet, W. / Seyer, R. / Rahmeh, R. / Mouillac, B. / Pascal, R. / Mendre, C. / Demene, H.
履歴
登録2007年11月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vasopressin V2 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5341
ポリマ－5,5341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 800structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Vasopressin V2 receptor / Renal-type arginine vasopressin receptor / Antidiuretic hormone receptor / AVPR V2


分子量: 5534.353 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 225-273 / 変異: M266NLE,M272NLE / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The source sequence is naturally found in rat (v2 rat receptor).
参照: UniProt: Q00788
配列の詳細THESE ARE LINKER. THIO-ETHER BRIDGE BETWEEN CCS AND GLY WERE CONSTRUCTED.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY
2412D 1H-1H TOCSY
2512D 1H-1H NOESY
3612D DQF-COSY
3712D 1H-1H TOCSY
3812D 1H-1H NOESY
3922D 1H-1H TOCSY
31022D 1H-1H NOESY
21112D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMH2O1
1 mMD2O2
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
14 ambient 308 K
24 ambient 318 K
34 ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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