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万見
- PDB-2jx1: Structure of the fifth zinc finger of Myelin Transcription Factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jx1
タイトルStructure of the fifth zinc finger of Myelin Transcription Factor 1 in complex with RARE DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DCP*DGP*DGP*DT)-3')
  • Myelin transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone metabolic process / diaphragm development / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / intracellular glucose homeostasis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / post-embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of hormone metabolic process / diaphragm development / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / intracellular glucose homeostasis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / post-embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Myelin transcription factor 1 / Myelin transcription factor 1 / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myelin transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / HADDOCK docking, simulated annealing
データ登録者Gamsjaeger, R. / Swanton, M.K. / Kobus, F.J. / Lehtomaki, E. / Lowry, J.A. / Kwan, A.H. / Matthews, J.M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the fifth zinc finger of Myelin Transcription Factor 1 in complex with RARE DNA
著者: Gamsjaeger, R. / Swanton, M.K. / Kobus, F.J. / Lehtomaki, E. / Lowry, J.A. / Kwan, A.H. / Matthews, J.M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2007年11月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DC)-3')
C: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DCP*DGP*DGP*DT)-3')
A: Myelin transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1063
ポリマ－11,1063
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DC)-3')


分子量: 3944.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DCP*DGP*DGP*DT)-3')


分子量: 3997.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質・ペプチド Myelin transcription factor 1 / MyT1 / Neural zinc finger factor 2 / NZF-2


分子量: 3163.508 Da / 分子数: 1 / Fragment: the fifth zinc finger domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8CFC2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D NOESY
2222D TOCSY
1323D 15N-separated NOESY
1423D HNHA
1512D HSQC
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HNCO
11013D (H)CCH-TOCSY
11112D single & double half filtered NOESYs

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110mM phosphate, 50mM sodium chloride, 1mM DTT, 100% H2O100% H2O
22.5mM MES, 10mM sodium chloride, 1mM DTT, 100% H2O100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
10 mMphosphate1
50 mMsodium chloride1
1 mMDTT1
2.5 mMMES2
10 mMsodium chloride2
1 mMDTT2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1507.41 atm298 K
2106.51 atm278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software名称: CNS / 分類: 精密化
精密化手法: HADDOCK docking, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing, water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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