[日本語] English
万見
- PDB-2jvm: Solution NMR structure of Rhodobacter sphaeroides protein RHOS4_2... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jvm
タイトルSolution NMR structure of Rhodobacter sphaeroides protein RHOS4_26430. Northeast Structural Genomics Consortium target RhR95
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha+beta / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性q5lls5 like domains / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Sandwich / Mainly Beta / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Zhang, Q. / Parish, D. / Xu, D. / Wang, H. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. ...Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Zhang, Q. / Parish, D. / Xu, D. / Wang, H. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Rhodobacter sphaeroides protein RHOS4_26430.
著者: Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Zhang, Q. / Parish, D. / Xu, D. / Wang, H. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1751
ポリマ－9,1751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 9175.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
生物種: Rhodobacter sphaeroides / 株: 2.4.1, NCIB 8253, DSM 158 / 遺伝子: RSP_1027, RHOS4_26430 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q3IZ23

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
141(4,3)D GFT CABCA(CO)NHN
151(4,3)D GFT HNNCABCA
161(4,3)D GFT HABCABCA(CO)NHN
171(4,3)D GFT (H)CCH-COSY aliphatic
181(4,3)D GFT (H)CCH-COSY aromatic
1912D 1H-15N long-range HSQC
11022D 1H-13C ct-HSQC 28ms
11113D 1H-15N/13C NOESY
11212D 1H-13C HSQC aromatic
11312D 1H-13C ct-HSQC aliphatic
11412D 1H-13C ct-HSQC aromatic
11513D (H)CCH-TOCSY
11622D 1H-13C ct-HSQC 56ms

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rhr95_protein, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] rhr95_protein, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMrhr95_protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mMcalcium chloride1
100 mMsodium chloride1
20 mMammonium acetate1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
0.7 mMrhr95_protein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
5 mMcalcium chloride2
100 mMsodium chloride2
20 mMammonium acetate2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
試料状態イオン強度: 135 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.1BVariancollection
PROSA6.0.2Guntert解析
CARA1.8.4Kellerデータ解析
CARA1.8.4Kellerpeak picking
CARA1.8.4Kellerchemical shift assignment
AutoAssign1.15.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
PSVSBhattacharya and Montelionestructure validation
XEASY1.3.12Bartels et al.データ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る