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万見
- PDB-2jvl: NMR structure of the C-terminal domain of MBF1 of Trichoderma reesei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jvl
タイトルNMR structure of the C-terminal domain of MBF1 of Trichoderma reesei
要素TrMBF1
キーワードTRANSCRIPTION / MBF1 / Coactivator / Trichoderma reesei / helix-turn-helix / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiprotein-bridging factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsNMR structure of the C-terminal domain of MBF1 of Trichoderma reesei
データ登録者Kopke Salinas, R. / Tomaselli, S. / Camilo, C.M. / Valencia, E.Y. / Farah, C.S. / El-Dorry, H. / Chambergo, F.S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the C-terminal domain of multiprotein bridging factor 1 (MBF1) of Trichoderma reesei.
著者: Salinas, R.K. / Camilo, C.M. / Tomaselli, S. / Valencia, E.Y. / Farah, C.S. / El-Dorry, H. / Chambergo, F.S.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月31日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrMBF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5281
ポリマ－11,5281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 TrMBF1


分子量: 11528.153 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma reesei (菌類) / Plasmid details: pPROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0VWW6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR structure of the C-terminal domain of MBF1 of Trichoderma reesei
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1312D 1H-1H NOESY
1423D 1H-13C NOESY
1522D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM sodium phosphate, 100 mM sodium choloride, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
220 mM sodium phosphate, 100 mM sodium choloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium choloride1
5 %D2O1
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium choloride2
試料状態イオン強度: 0.151 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificdata processing
CCPNMR1.0.14CCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
HADDOCK2Dominguez, Boelens, Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water refinement with Haddock2.0 using CNS
NMR constraintsNOE constraints total: 1216 / NOE intraresidue total count: 378 / NOE long range total count: 255 / NOE medium range total count: 247 / NOE sequential total count: 336 / Protein phi angle constraints total count: 44 / Protein psi angle constraints total count: 44
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 15 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 3.35 Å / Distance rms dev error: 1.15 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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