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- PDB-2juw: NMR solution structure of homodimer protein SO_2176 from Shewanel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2juw
タイトルNMR solution structure of homodimer protein SO_2176 from Shewanella oneidensis. Northeast Structural Genomics Consortium target SoR77
要素UPF0352 protein SO_2176
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / homodimer / helix / dimer / all alpha / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0352 / YejL-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1414) / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0352 protein SO_2176
機能・相同性情報
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailshomodimer, all helix
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. ...Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of homodimer protein SO_2176 from Shewanella oneidensis. Northeast Structural Genomics Consortium target SoR77.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年9月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0352 protein SO_2176
B: UPF0352 protein SO_2176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8932
ポリマ－17,8932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 UPF0352 protein SO_2176


分子量: 8946.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_2176 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: Q8EF26

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: homodimer, all helix
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY
1544D 1H-13C NOESY
1613D HNCO
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1923D H(CCO)NH
11023D C(CO)NH
11123D HBHA(CO)NH
11213D (H)CCH-COSY
11332D 1H-13C HSQC
11442D 1H-15N HSQC
11522D 1H-15N HSQC
11632D 1H-15N HSQC
11723D CCH-TOCSY
11843D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM 50% NC labeled and 50% unlabeled protein mixed together to form mixed homodimer protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMsodium chloride1
20 mMammonium acetate1
5 mMcalcium chloride1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
1 mMprotein50% NC labeled and 50% unlabeled protein mixed together to form mixed homodimer2
100 mMsodium chloride2
20 mMammonium acetate2
5 mMcalcium chloride2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]3
100 mMsodium chloride3
20 mMammonium acetate3
5 mMcalcium chloride3
10 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]4
100 mMsodium chloride4
20 mMammonium acetate4
5 mMcalcium chloride4
10 mMDTT4
0.02 %sodium azide4
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipelinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.15.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.1Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH
NMR constraintsNOE constraints total: 1362 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 424 / NOE medium range total count: 734 / NOE sequential total count: 204 / Hydrogen bond constraints total count: 2 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 63 / Protein psi angle constraints total count: 63
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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