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万見
- PDB-2jul: NMR Structure of DREAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jul
タイトルNMR Structure of DREAM
要素Calsenilin
キーワードDNA BINDING PROTEIN / EF-hand / calcium / LxxLL / dimer / Alternative splicing / Apoptosis / Cytoplasm / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Ion transport / Ionic channel / Lipoprotein / Membrane / Nucleus / Palmitate / Polymorphism / Potassium / Potassium channel / Potassium transport / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / response to pain / behavioral response to pain / response to magnesium ion / regulation of neuron apoptotic process / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / core promoter sequence-specific DNA binding / voltage-gated potassium channel complex ...Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / response to pain / behavioral response to pain / response to magnesium ion / regulation of neuron apoptotic process / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / core promoter sequence-specific DNA binding / voltage-gated potassium channel complex / sensory perception of pain / protein localization to plasma membrane / protein-DNA complex / potassium ion transport / calcium-dependent protein binding / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / calcium ion binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ames, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: NMR structure of DREAM: Implications for Ca(2+)-dependent DNA binding and protein dimerization.
著者: Lusin, J.D. / Vanarotti, M. / Li, C. / Valiveti, A. / Ames, J.B.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calsenilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5803
ポリマ－29,5001
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Calsenilin / Kv channel-interacting protein 3 / KChIP3 / A-type potassium channel modulatory protein 3 / DRE- ...Kv channel-interacting protein 3 / KChIP3 / A-type potassium channel modulatory protein 3 / DRE-antagonist modulator / DREAM


分子量: 29499.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnip3, Csen, Dream, Kchip3 / プラスミド: pET23a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9QXT8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HBHA(CO)NH
1613D 1H-13C NOESY
1713D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: entity_1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
X-PLOR3.1Brunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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